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  • 本发明公开了一种基于基因作用方式的药用植物表型预测方法,首先根据基因对表型的影响方式构建基于基因作用方式的药用植物表型预测模型,针对关键基因对表型的影响,引入高斯噪声和稀疏正则化损失对关键基因特征进行提取,同时使用隐藏层进行数据降维保证模型...
  • 本发明公开了一种基于多模态融合与动态图胶囊网络的蛋白质特征提取方法,它包括如下步骤:步骤S1、接收批次蛋白质序列集合;步骤S2、对所述蛋白质序列分别进行One‑Hot编码操作及掩码生成操作;步骤S3、将所述蛋白质序列输入预训练蛋白语言模型并...
  • 本发明公开了一种基于16S rRNA高变区的菌种鉴定方法。本发明综合16S rRNA的多个高变区,通过分子进化树的方法,研究不同可变区的特定菌种和同属其他菌种的区分能力,最终可以找到不同高变区的组合,达到在种水平鉴定该特定菌种的目的。
  • 本申请提供一种AAV变体组织特异性筛选方法、装置、系统和存储介质,涉及生物工程和基因治疗技术领域。所述筛选方法包括:构建AAV变体文库;获取高通量测序数据;应用变化点检测算法处理高通量测序数据,并依据噪声过滤阈值对测序数据进行过滤;应用标准...
  • 本发明属于活性位点预测技术领域,具体涉及一种基于图神经网络的酶活性位点预测方法。为实现对活性位点的高精度预测,本发明的酶活性位点预测模型HFGN采用双分支架构:酶分支整合了三维结构、PLM嵌入、同源性得分与EC功能注释,并通过注意力机制实现...
  • 本发明涉及临床病原体领域,提供一种基于机器学习的临床病原体感染判读的方法,获取原始测序数据,去除低质量读段,使用生物信息学工具去除包括载体序列和接头序列的噪音,并将所有数据标准化为FASTQ格式,得到清洗后的数据;将清洗后的数据比对到参考基...
  • 本发明提供了一种复发性拷贝数变异的分析方法、分析装置、电子设备及存储介质,分析方法包括:获取复发性拷贝数变异数据集和复发性拷贝数变异检测过程中的检测数据;利用复发性拷贝数变异数据集与检测数据的比较,建立复发性拷贝数变异分析流程,以得到检测数...
  • 本发明公开了一种基于贝叶斯建模的单细胞测序数据分析方法,适用于低表达基因识别与生物异质性检测。该方法包括如下步骤:S1、数据采集与预处理;S2、建立贝叶斯层次模型,同时建模技术噪声与生物异质性;S3、引入泊松模型和泊松‑负二项模型相结合的策...
  • 本发明是面向纳米孔实时测序的耐药基因识别方法,包括在纳米孔测序过程中,通过检测原始电流信号中的非对称扰动特征,识别出存在惰性响应的信号区段,并对所述区段实施前向压缩性映射处理,以解除起始读取滞后对后续识别流程的影响;对经过处理的测序数据进行...
  • 本发明公开了一种高GC含量区域测序错误的矫正方法及装置,其中矫正方法包括:从测序平台获取原始FASTQ格式的测序数据,并对所述测序数据预处理得到包括训练集、验证集和测试集的样本;构建深度学习网络模型;利用所述训练集和验证集对所述深度学习网络...
  • 本发明提供了一种从食品和农业副产品中发现抗氧化肽并输出酶解推荐的方法及系统,涉及生物信息学与人工智能交叉技术领域。本发明的方法依次包括蛋白质序列采集与标准化、候选肽段截取、序列与结构表征融合预测抗氧化活性、酶切模拟生成可释放肽段、基于活性概...
  • 本发明公开了一种基于细胞内动态环境的CRISPR‑Cas13d gRNA设计方法、系统及应用,涉及RNA编辑和深度学习技术领域。该方法包括步骤:获取细胞系内靶标RNA的二级结构信息和RBP结合位点分布情况;基于深度学习算法构建gRNA设计模...
  • 本发明公开了一种mRNA序列评分方法和相关设备,方法包括:获取待评分的mRNA序列;从mRNA序列提取关键碱基序列,关键碱基序列包括起始密码子上下文和终止密码子上下文;将关键碱基序列输入目标评分模型,处理得到mRNA序列在目标指标的评分;其...
  • 本发明属于重组胶原蛋白序列分析技术领域,本发明公开了基于AI深度学习的重组胶原蛋白序列分析方法;包括提取天然III型胶原蛋白序列;将天然III型胶原蛋白序列应用训练好的模型,生成热力图;基于热力图生成优化后的天然III型胶原蛋白序列;使用微...
  • 本申请提供的真核生物水平基因转移的鉴定方法、装置、存储介质及计算机设备,当提取到目标真核生物高质量基因组的目标蛋白序列后,可以将目标蛋白序列与NR数据库中的蛋白序列进行序列比对后,按照预设的筛选条件对比对结果中的蛋白序列进行筛选,得到与目标...
  • 本发明提供一种RNA测序数据的融合基因快速筛选方法及系统,该方法包括:接收序列比对工具输出的tab格式比对结果文件,根据预设的相似度阈值和覆盖率阈值筛选所述比对结果文件中的比对片段;在比对片段中,对同一测序的不同mapping片段进行组合比...
  • 本发明公开了一种基于染色质接触图谱的拓扑关联结构域划分方法,包括:获取并预处理染色质接触图谱数据,构建归一化接触矩阵;依据归一化接触矩阵,计算所有可能划分区间的单段Infomap熵值;通过动态规划递推求解每一状态下的最小部分Infomap熵...
  • 本发明涉及生物信息学与微生物基因组分析技术领域,具体涉及一种基于wgMLST技术的食源性致病菌分型方法,所述方法是将基因组序列与构建的轻量级wgMLST数据库中进行初步比对,针对比对结果中的非完美匹配基因位点,依据比对区域对序列进行扩展或截...
  • 本发明公开了一种基于代谢组学分析预测的糖尿病认知功能障碍方法,涉及生物信息技术领域,包括S1、从糖尿病患者外周血样本中获取代谢组学数据和免疫组学数据,提取针对葡萄糖代谢相关时序序列数据,采用时序分析算法处理序列数据,得到时序变化特征;S2、...
  • 本发明适用于计算生物学与寄生虫分子流行病学技术领域,提供了一种一种弓形虫群体结构解析的全基因组机器学习方法及系统。本发明利用全基因组测序数据构建SNP基因型概率矩阵,结合无监督聚类识别最优群体结构,再通过监督标签整合与监督学习模型实现弓形虫...
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