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基于空间转录组数据的聚类方法和装置、设备及存储介质
本申请实施例提供了一种基于空间转录组数据的聚类方法和装置、设备及存储介质,属于生物学技术领域。该方法包括:获取空间转录组数据;其中,所述空间转录组数据包括候选基因在不同空间位置信息下的基因表达数据;根据所述空间位置信息和所述基因表达数据从所...
基于多组学机器学习的肝细胞癌预后及免疫响应预测方法
本发明公开了一种基于多组学机器学习的肝细胞癌预后及免疫响应预测方法,涉及生物医学与人工智能交叉技术领域,包括:S1、构建用于模型训练及验证的多组学数据集;S2、对多组学数据进行特征整合、聚类分析以得到对应的肝细胞癌分子亚型分布;S3、构建基...
一种基于多水平生物学特征的同义突变有害性预测方法
本发明公开了一种基于多水平生物学特征的同义突变有害性预测方法,包括:1:收集同义突变样本并进行预处理;2:对所得的同义突变样本使用生物计算工具进行DNA、RNA和蛋白质层面的特征注释并进行预处理;3:使用因果特征选择算法对高维生物学特征数据...
基于多模态对比学习和引导机制的基因表达预测方法及系统
本发明公开了病理学与空间转录组学技术领域,具体涉及基于多模态对比学习和引导机制的基因表达预测方法及系统;将组织学切片图像按照空间坐标裁剪为图像块;采用局部卷积分支与全局Transformer分支联合提取图像特征,并通过投影映射至共享潜在空间...
一种基于低覆盖度基因组测序与多模型融合的病原微生物检测方法、系统及其应用
本发明属于生物信息学领域,具体涉及一种基于低覆盖度基因组测序与多模型融合的病原微生物检测方法、系统及其应用。针对传统流程低丰度病原检出难、假阴假阳率高、无群体预警能力的不足,流程经预处理(质量过滤、接头修剪、去宿主)后,并行用参考数据库比对...
一种结核分枝杆菌耐药基因检测数据分析系统
本发明涉及基因检测技术领域,公开了一种结核分枝杆菌耐药基因检测数据分析系统,包括:数据导入模块、信号校正模块、特征提取模块、多级判读模块、结果融合模块和报告生成模块。系统对检测仪输出的荧光强度值进行基线漂移修正、异常点检测与非线性归一化,提...
基于单细胞测序数据的分析方法、装置及电子设备
本申请实施例公开了一种基于单细胞测序数据的分析方法、装置及电子设备,属于生物信息学技术领域以及数据处理领域。其中,方法包括 : 获取基于单细胞测序数据的注释结果,所述注释结果包括单细胞转录组注释结果和单细胞VDJ注释结果;根据所述注释结果确...
基因表达分析方法、装置、电子设备及可读存储介质
本申请实施例公开了一种基因表达分析方法、装置、电子设备及可读存储介质,属于生物信息学技术领域以及数据处理领域。其中,方法包括 : 基于待测样本的目标细胞类型中基因的聚合表达值,以及参考样本的目标细胞类型中基因的基准表达值,确定目标细胞类型中...
水处理工艺的微生物综合指标构建与智能预测方法及系统
本发明公开了一种水处理工艺的微生物综合指标构建与智能预测方法及系统,所述方法包括:获取不同类型水处理生物系统中的微生物样本,利用16S rRNA高通量测序获得相对丰度矩阵,建立微生物存在与丰度分布之间映射关系的深度学习模型;利用深度学习模型...
基于铁死亡相关miRNA的癌症亚型分类的方法、系统、设备及程序产品
本发明提供了基于铁死亡相关miRNA的癌症亚型分类的方法、系统、设备及程序产品,属于智能医疗领域。本发明基于铁死亡相关miRNA将乳腺癌划分成四个亚型,并基于铁死亡活性鉴定出乳腺癌FAP+亚型,通过建立FAPscore衡量个体乳腺癌患者的F...
一种基于深度自动编码器与自适应光谱移位的拉曼光谱生化成分解混方法
本发明涉及一种基于深度自动编码器与自适应光谱移位的拉曼光谱生化成分解混方法,包括:采集单细胞的拉曼光谱,构建数据集;对所述数据集进行预处理;构建深度自动编码器神经网络模型,并利用预处理后的数据集对所述深度自动编码器神经网络模型进行训练;其中...
一种基于离散扩散模型的T细胞受体序列设计方法
一种基于离散扩散模型的T细胞受体序列设计方法,它涉及一种T细胞受体序列设计方法。本发明为了解决传统 TCR 发现方法依赖实验筛选,存在成本高、周期长、靶点覆盖有限的问题。本发明通过 BLOSUM 转移矩阵确保生成序列符合 TCR 自然进化规...
剪接因子对单细胞水平功能干扰程度的评估方法及系统
本发明涉及生物信息分析技术领域,特别是涉及一种剪接因子对单细胞水平功能干扰程度的评估方法及系统。所述方法包括:获取单细胞转录组的细胞‑基因表达谱并提取出剪接因子对应的基因表达量,计算出每个细胞中剪接因子的活跃分数;确定剪接因子扰动基因集,计...
肺腺癌免疫细胞亚群网络标志物筛选方法
本发明提供了一种肺腺癌免疫细胞亚群网络标志物筛选方法。本发明的肺腺癌免疫细胞亚群网络标志物筛选方法通过构建兼具特异性和准确性的肺腺癌免疫细胞亚群网络标志物筛选模型,筛选出能精准表征免疫细胞亚群特征的网络标志物;同时,通过建立基于网络标志物的...
密码子使用偏好性分析方法和装置、系统、存储介质
本发明公开一种密码子使用偏好性分析方法和装置、系统、存储介质,包括:步骤S1、对原始转录组测序数据进行预处理,得到可靠的比对reads集;步骤S2、对可靠的比对reads集进行基因组装,获得潜在基因序列集;步骤S3、对潜在基因序列集进行序列...
多来源单细胞转录组数据的整合分析方法及系统
本发明涉及数据分析技术领域,特别是涉及一种多来源单细胞转录组数据的整合分析方法及系统。所述方法包括:将不同来源单细胞转录组数据的所有基因名称转换为统一版本,过滤来源特异性基因;构建特异性背景基因池并进行污染基因鉴定,消除背景RNA污染;计算...
一种胃-肿瘤新靶点发现的方法及系统建立方法
本发明涉及生物技术领域,且公开了一种胃‑肿瘤新靶点发现的方法及系统建立方法;本发明通过整合单细胞二代测序与三代全长转录组技术,并采用CopyKat与Infercnv双重算法模型,克服了传统批量测序无法解析肿瘤异质性及常规单细胞测序难以准确鉴...
一种鉴定梭梭和白梭梭中抗旱关键AGO基因的方法
本发明提供一种鉴定梭梭和白梭梭中抗旱关键AGO基因的方法,涉及基因鉴定技术领域。该鉴定梭梭和白梭梭中抗旱关键AGO基因,通过hmmscan筛选、同源比对及CDD/PFAM结构域验证,分别鉴定出梭梭中45个HaAGO基因和白梭梭中30个HpA...
空间域识别的多头双路径注意力方法、系统、设备及介质
本发明提供了空间域识别的多头双路径注意力方法、系统、设备及介质,属于生物信息与计算机技术领域。该方法包括:首先基于空间转录组坐标与基因表达构建局部邻接图和增广邻接图;随后以视图级注意力动态融合双路径特征,再并行施加多头图注意力,捕获多子空间...
一种预测空间基因表达的方法、电子设备及介质
本申请提供一种预测空间基因表达的方法、电子设备及介质,所述方法包括:获取待检测病理组织学图像;提取所述待检测病理组织学图像的第一视觉特征;基于预设投影模型,将所述第一视觉特征转换为第一视觉特征向量;基于所述第一视觉特征向量,根据预设匹配模型...
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