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基于DNA大模型与时频域深度学习融合的必需基因预测方法
本发明属于必需基因预测技术领域,具体涉及基于DNA大模型与时频域深度学习融合的必需基因预测方法,以领域化DNA大模型为核心表征层,经跨物种语料预训练与任务化微调获取专用基因表征;采用T‑Block与F‑Block双通道时频融合结构,通过扩展...
一种基于TBR1定点突变体的抗肿瘤药物细胞筛选模型建立方法及应用
本发明提供了一种基于TBR1定点突变体的抗肿瘤药物细胞筛选模型建立方法及应用,属于生物医药技术领域。本发明通过分析南京医科大学儿童医院髓母细胞瘤(MB)患者和EGA数据库MB临床患者数据,发现Group4亚型MB占比最高,且TBR1突变特异...
一种小核酸药物与KRAS突变蛋白结合亲和力分析筛选方法
本发明公开了一种小核酸药物与KRAS突变蛋白结合亲和力分析筛选方法,包含KRAS突变体和野生型的靶标蛋白组及小核酸初始文库;进行多轮结合正筛选与负向筛选的循环,其中所述负向筛选特定地使用KRAS野生型蛋白作为反选择靶标,以主动富集对突变体具...
基孔肯雅病毒基因型及关键突变位点的分析方法及系统
本申请是关于一种基孔肯雅病毒基因型及关键突变位点的分析方法及系统,包括:获取CHIKV基因组序列数据,通过预处理得到高覆盖率数据集与低覆盖率数据集,并对高覆盖率数据集进行进化多样性分析确定非保守位点;根据高覆盖率数据集及非保守位点构建位置权...
一种基于PDX模型的空间转录组数据分析系统
本申请提供了一种基于PDX模型的空间转录组数据分析系统,涉及生物信息分析技术领域。包括以下步骤:提取测序序列中的坐标标识符、分子标识符和样本转录本序列;分析样本转录本序列,将测序序列初步归类为第一序列、第二序列、不确定序列和丢弃序列;计算每...
基因调控网络的推断方法、装置、设备及存储介质
本申请公开了一种基因调控网络的推断方法、装置、设备及存储介质,涉及生物信息学技术领域,通过双边自表征模型提供的矩阵分解框架求解细胞间调控关系矩阵,能够为细胞间调控提供更准确的因果关系推断。其中方法包括:获取第一基因表达矩阵和第二基因表达矩阵...
适用于多测序平台抗生素耐药基因端对端检测系统及方法
本发明公开了一种适用于多测序平台的抗生素耐药基因端对端检测方法和系统,检测方法包括多平台宏基因组数据一站式分析步骤和基于深度学习的抗生素耐药基因检测步骤,多平台宏基因组数据一站式分析包括,根据输入测序数据格式,自适应判定测序平台,选择相应的...
冷冻电镜结构数据库搭建方法、系统和存储介质
本申请属于结构生物学技术领域,提供了一种冷冻电镜结构数据库搭建方法、系统和存储介质,包括:基于EMDB的密度图,获取每个密度图的输入结构;基于密度图,对输入结构中的蛋白质链进行调整,获取模板结构;基于所述密度图,对输入结构中的蛋白质序列和u...
一种结合蛋白质语言模型与交联质谱约束的蛋白质序列联合编码方法
本发明公开了一种结合蛋白质语言模型与交联质谱约束的蛋白质序列联合编码方法,获取目标蛋白质的氨基酸序列及包含交联残基对的交联质谱实验数据;解析数据构建稀疏邻接矩阵;将氨基酸序列编码为token序列;将token序列与稀疏邻接矩阵输入基于Tra...
一种消化道肿瘤跨癌种分子分型的方法及其应用
本发明属于肿瘤分子生物学技术领域,公开了一种消化道肿瘤跨癌种分子分型的方法及其应用。该方法利用稳健秩聚合算法整合六维分子特征,经RNAi和CRISPR双重验证,筛选出高置信度功能基因,解决传统筛选维度单一、特异性不足的问题,功能基因筛选更为...
一种基于单倍型解析的灵芝双核基因组组装方法
本发明公开一种基于单倍型解析的灵芝双核基因组组装方法,属于生物信息学技术领域。本发明的目的是为了克服高杂合基因组组装的精确性和准确度。本发明提供一种基于单倍型解析的灵芝双核基因组组装方法,获得单核的灵芝细胞,利用Illumina NovaS...
基于高通量测序的药用植物基因组组装方法及系统
本发明涉及基因组组装技术领域,具体涉及一种基于高通量测序的药用植物基因组组装方法及系统。该方法包括:获取目标测序序列,筛选功能影响序列;对目标测序序列进行重复化分类,得到非重复序列簇和重复序列簇,将重复序列簇划分为功能重复序列和非功能重复序...
使用因果启发超图神经网络解析菌-药互作全景动态机制的方法、系统及电子设备
本发明公开了一种使用因果启发超图神经网络解析菌‑药互作全景动态机制的方法、系统及电子设备,属于人工智能与生物医学信息学技术领域。方法包括:构建病/证/症‑菌/微生物/代谢产物‑方/药/成分互锁超图;基于动态超图网络算法解析菌‑药互作动态机制...
一种基于细胞转录组学的表型药物分子发现方法及相关组件
本发明实施例涉及利用大语言模型生成药物分子的交叉领域,特别涉及一种基于细胞转录组学的表型药物分子发现方法、装置、设备及计算机可读存储介质。其中,方法包括:获取待分析的转录组测序结果数据,并从所述转录组测序结果数据中提取差异表达基因列表;获取...
一种针对病毒生命周期的广谱抗病毒药物筛选方法
本发明涉及生物化学与药物筛选技术领域,公开了一种针对病毒生命周期的广谱抗病毒药物筛选方法。本方法以病毒生命周期为核心分析框架,构建进入、复制、装配和释放四个阶段的特征参考数据库,融合多组学差异特征、宿主通路活性、影像表型及药理靶点网络多模态...
一种基于多任务学习的病理图像分子标志物预测方法
本发明公开了一种基于多任务学习的病理图像分子标志物预测方法,首先采用预训练的CONCH大模型提取 patch 级特征,并经线性投影映射至统一维度;随后通过共享的多层 Transformer 编码器对 patch 间的全局上下文进行建模,引入...
一种基于实体语义增强的蛋白质相互作用抽取方法
本发明适用于生物医学文献挖掘技术领域,提供了一种基于实体语义增强的蛋白质相互作用抽取方法,该方法基于注意力机制,通过实体标记与注意力分布有效识别和捕捉关系相关的上下文词汇,构建了更为精确的关系表示。其次,基于大语言模型,生成蛋白质实体的多种...
一种基于多维特征的免疫检查点抑制剂治疗响应预测方法
本发明公开了一种基于多维特征的免疫检查点抑制剂治疗响应预测方法,主要用来解决生物工程技术领域中免疫治疗响应预测准确性和可解释性不足的问题。该方法首先收集临床病理特征与基因组特征数据,通过数据预处理构建原始特征集;然后生成两两特征间的乘积交互...
一种确定具有酸碱度敏感性的结合蛋白信息的方法、设备、介质及程序产品
本申请的目的是提供一种确定具有酸碱度敏感性的结合蛋白信息的方法、设备、介质及程序产品,该方法包括:基于靶蛋白信息、靶蛋白的结合区域氨基酸对应的目标氨基酸、以及初始时间步中结合蛋白的噪声信息,通过第一结合蛋白生成模型,生成靶蛋白对应的结合蛋白...
一种单细胞信号通路重建方法、系统、设备及介质
本申请涉及一种单细胞信号道路重建方法、系统、设备及介质。所述方法包括:基于每个细胞的高表达基因与高变基因的交集,从全局信号参考网络中提取子网络,生成细胞特异性信号网络;将所述细胞特异性信号网络输入图Transformer模型,生成共识信号网...
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