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基于蛋白质组的慢性肝脏疾病发病预测的蛋白组合、预测模型及应用
本发明涉及生物医药技术领域,尤其涉及基于蛋白质组的慢性肝脏疾病发病预测的蛋白组合、预测模型及应用。本发明整合了Olink蛋白质组学技术、机器学习算法及发现‑内验证研究策略,成功筛选并验证了一组包含10个血浆蛋白质标志物(VCAM1、CD48...
三倍体和/或拷贝数中性杂合性缺失检测方法、装置及应用
本申请涉及三倍体和/或拷贝数中性杂合性缺失检测方法、装置及应用,属于生物信息技术领域。前述方法包括:1)获取待测样本的基因组测序比对数据;2)对所述基因组测序比对数据进行bin划分处理,确定每个bin中的SNP特征信息,并基于特征信息进行b...
一种生物安全监管风险研判方法和系统
本发明涉及生物安全检测与风险评估技术领域,尤其涉及一种生物安全监管风险研判方法和系统;在生物安全监管风险研判方法中,一原始样本组中的多个原始样本通过如下步骤实施风险研判:基于所述原始样本组中的原始样本数量,设置池化方案,所述池化方案至少用于...
一种基于深度学习的SV检测方法
本发明公开了一种基于深度学习的SV检测方法,首先通过从BAM文件中解析比对内和比对间区域的特征,即从CIGAR和SA标签中构建多类型候选特征信号,然后利用深度学习模型进行预测,从而能够识别较长序列中的变异区域,一旦检测到潜在变异,将使用三阶...
一种基于超高深度测序的微小残留病灶检测方法及系统
本发明公开了一种基于超高深度测序的微小残留病灶检测方法及系统,涉及微小残留病灶智能化检测技术领域,包括以下步骤:基于测序文库,按照样本索引进行拆分获取待测样本,并根据待测样本的分子标识符,得到共识序列;基于共识序列,通过过滤掉质量值小于25...
一种DNA甲基化位点预测方法、系统、设备及电子介质
本发明属于生物信息学与深度学习技术领域,具体涉及一种DNA甲基化位点预测方法、系统、设备及电子介质,方法包括以下步骤:将DNA序列中的单个碱基分别编码为四种分子指纹,并将每个碱基构建为分子图结构;通过多层感知机对所述四种分子指纹进行高阶特征...
一种基于牛免疫抗病组织调控区的功能突变位点组合及应用
本发明属于动物基因育种技术领域,具体公开了一种基于牛免疫抗病组织调控区的功能突变位点组合及应用。该芯片充分考虑到牛基因组突变位点在免疫组织基因组调控元件活性影响中的作用,从大量的牛基因组突变位点和免疫组织表观调控数据中筛选出高度干扰牛转录因...
对急进高原人群的高海拔适应性进行分群的装置和方法
本发明公开了对急进高原人群的高海拔适应性进行分群的装置和方法。本发明提供了基于五种蛋白的表达水平建立的平原人群急进高原后高海拔适应性的评估模型,用于在急进高原前对平原受试者进行高海拔适应性分层,从而可协助指导未进入高原前进行是否进入高原或者...
一种基于Mamba与变分模态分解的基因序列预测方法
本发明公开一种基于Mamba与变分模态分解的基因序列预测方法,涉及时间序列预测技术领域。包括如下步骤 : 构建基因序列数据集;训练Mamba‑VMD模型;测试Mamba‑VMD模型。
一种基于稀疏感知扩散模型的单细胞基因补全方法
本发明公开了一种基于稀疏感知扩散模型的单细胞基因补全方法,属于基因表达补全的技术领域,其包括:对原始单细胞基因表达谱进行前向加噪扩散,得到噪声样本;构建稀疏矫正重采样扩散模型;将噪声样本输入稀疏矫正重采样扩散模型中,并通过多步的反向去噪过程...
检测内部串联重复方法、系统、设备及存储介质
本发明公开了一种检测内部串联重复方法、系统、设备及存储介质,其技术方案要点在于,根据原癌基因对应的至少一目标外显子序列得到第一参考序列,根据原癌基因对应的至少一目标内含子序列得到第二参考序列;将待测样本的测序数据比对到第二参考序列得到第一比...
基于ONT测序平台的肿瘤组织剪接识别及新抗原肽筛选方法
本发明公开基于ONT测序平台的肿瘤组织剪接识别及新抗原肽筛选方法,属于肿瘤免疫学技术领域;包括:从肿瘤组织中提取RNA,并分离出mRNA,然后构建测序文库并通过ONT测序平台测序,获取原始数据;对原始数据进行碱基识别,获得fastq格式数据...
一种筛选肿瘤新生抗原的方法及其应用
本发明提供了一种筛选肿瘤新生抗原的方法及其应用,该方法包括:对待测个体的肿瘤样本的WES数据和正常样本的WES数据进行分析,获得候选SNV/INDEL数据;对肿瘤样本的RNA‑seq数据进行分析,获得候选fusion数据;对所述候选SNV/...
一种使用高光谱鉴定马铃薯抗旱基因的方法
本发明提供一种使用高光谱鉴定马铃薯抗旱基因的方法,涉及农作物抗旱基因鉴定技术领域,包括:设置干旱组和对照组,同步获取植株冠层高光谱图像与转录组数据并建立关联数据集;提取光谱特征,筛选干旱响应候选基因;基于斯皮尔曼相关分析计算各候选基因与光谱...
一种基于血清蛋白标志物的口腔扁平苔藓分子分型
本发明公开了一种基于血清蛋白标志物的口腔扁平苔藓分子分型。该分子分型是基于多中心临床队列,利用转录组测序数据通过Seeded‑Kmeans半监督聚类算法获得的新分子分型,并且进一步通过转录组测序数据、蛋白组测序数据和血清酶联免疫吸附实验数据...
基于自适应数据增强与双重信息挖掘的酶周转率预测方法
本发明提供了一种基于自适应数据增强与双重信息挖掘的酶周转率预测方法,属于生物信息学技术领域,解决了现有kcatcat预测方法中多模态信息利用不足及数据不平衡的问题。其技术方案如下:首先,构建统一标准的kcatcat数据集;其次,设计对酶和底...
多切片空间转录组空间域识别方法与系统
本发明具体涉及一种多切片空间转录组空间域识别方法,包括:将多个切片的空间转录组数据进行预处理,并基于空间坐标构建无权无向图,将每张切片建模为属性图;构建融合图注意力自编码器与对抗模块的联合学习模型,利用图注意力机制从基因表达及空间邻域中提取...
一种单细胞聚类分析方法及工具
本发明公开了一种单细胞聚类分析方法及工具,涉及单细胞测序数据分析技术领域。本发明包括如下步骤:步骤1.细分聚类:从Seurat对象中提取特定的细胞簇,并在不同的分辨率和PCA维度设置下进行二次聚类,利用Seurat的降维和邻域检测算法对细胞...
一种糖尿病肾间质纤维化的AI干预分析方法
本发明公开了一种糖尿病肾间质纤维化的AI干预分析方法,涉及生物技术领域,该方法包括以下具体步骤:样本采集与多组学数据获取:采集糖尿病肾间质纤维化患者使用糖肾康干预前后及健康对照者的肾脏组织样本,分别获取表观遗传数据和单细胞基因表达数据,经预...
一种分析鉴定与动脉粥样硬化斑块进展相关的自噬生物标志物方法
本发明提出了一种分析鉴定与动脉粥样硬化斑块进展相关的自噬生物标志物方法,属于分析技术领域。包括以下步骤:(1)数据获取与处理;(2)差异表达基因及自噬相关基因的识别;(3)关键基因验证与预测效能评估;(4)免疫浸润分析;(5)单细胞RNA测...
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