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一种mRNA序列评分方法和相关设备
本发明公开了一种mRNA序列评分方法和相关设备,方法包括:获取待评分的mRNA序列;从mRNA序列提取关键碱基序列,关键碱基序列包括起始密码子上下文和终止密码子上下文;将关键碱基序列输入目标评分模型,处理得到mRNA序列在目标指标的评分;其...
基于AI深度学习的重组胶原蛋白序列分析方法
本发明属于重组胶原蛋白序列分析技术领域,本发明公开了基于AI深度学习的重组胶原蛋白序列分析方法;包括提取天然III型胶原蛋白序列;将天然III型胶原蛋白序列应用训练好的模型,生成热力图;基于热力图生成优化后的天然III型胶原蛋白序列;使用微...
真核生物水平基因转移的鉴定方法、装置、存储介质及计算机设备
本申请提供的真核生物水平基因转移的鉴定方法、装置、存储介质及计算机设备,当提取到目标真核生物高质量基因组的目标蛋白序列后,可以将目标蛋白序列与NR数据库中的蛋白序列进行序列比对后,按照预设的筛选条件对比对结果中的蛋白序列进行筛选,得到与目标...
一种RNA测序数据的融合基因快速筛选方法及系统
本发明提供一种RNA测序数据的融合基因快速筛选方法及系统,该方法包括:接收序列比对工具输出的tab格式比对结果文件,根据预设的相似度阈值和覆盖率阈值筛选所述比对结果文件中的比对片段;在比对片段中,对同一测序的不同mapping片段进行组合比...
一种基于染色质接触图谱的拓扑关联结构域划分方法
本发明公开了一种基于染色质接触图谱的拓扑关联结构域划分方法,包括:获取并预处理染色质接触图谱数据,构建归一化接触矩阵;依据归一化接触矩阵,计算所有可能划分区间的单段Infomap熵值;通过动态规划递推求解每一状态下的最小部分Infomap熵...
一种基于wgMLST技术的食源性致病菌分型方法
本发明涉及生物信息学与微生物基因组分析技术领域,具体涉及一种基于wgMLST技术的食源性致病菌分型方法,所述方法是将基因组序列与构建的轻量级wgMLST数据库中进行初步比对,针对比对结果中的非完美匹配基因位点,依据比对区域对序列进行扩展或截...
一种基于代谢组学分析预测的糖尿病认知功能障碍方法
本发明公开了一种基于代谢组学分析预测的糖尿病认知功能障碍方法,涉及生物信息技术领域,包括S1、从糖尿病患者外周血样本中获取代谢组学数据和免疫组学数据,提取针对葡萄糖代谢相关时序序列数据,采用时序分析算法处理序列数据,得到时序变化特征;S2、...
一种弓形虫群体结构解析的全基因组机器学习方法及系统
本发明适用于计算生物学与寄生虫分子流行病学技术领域,提供了一种一种弓形虫群体结构解析的全基因组机器学习方法及系统。本发明利用全基因组测序数据构建SNP基因型概率矩阵,结合无监督聚类识别最优群体结构,再通过监督标签整合与监督学习模型实现弓形虫...
一种基于动态变阶unitig-level图的DNA序列组装方法及系统
本发明公开了一种基于动态变阶unitig‑level图的DNA序列组装方法及系统,涉及生物信息学与DNA存储技术领域;其通过构建伪基因组及源感知k‑mer索引,并采用Mid‑Max与Min‑Mid两阶段变阶扩展策略,动态调整k值以增强图结构...
一种用于多倍体基因组的单倍型解析组装方法及装置
本发明公开一种用于多倍体基因组的单倍型解析组装方法及装置。本发明开发了一种整合HiC数据与组装图以提升准确性、完整性和连续性的单倍型解析支架构建方法。通过利用源自长读长重叠的图连通性,有效克服了HiC的关键局限。应用于复杂的多倍体基因组,与...
基于免疫分析与可解释机器学习构建肺腺癌诊断模型的方法
本发明公开了基于免疫分析与可解释机器学习构建肺腺癌诊断模型的方法,属于生物医学工程领域,包括数据获取与预处理:获取包含肺腺癌样本基因表达数据、生存数据、免疫细胞浸润丰度数据及免疫检查点基因数据的实验数据集,以及包含肺腺癌肿瘤组织与正常组织样...
模型训练方法、预测方法、装置、设备、存储介质及产品
本申请公开了一种模型训练方法、预测方法、装置、设备、存储介质及产品,涉及计算机技术领域,以提升蛋白质功能预测的性能。该方法包括:获取训练数据集,其中,所述训练数据集包括:蛋白质功能注释数据集和GO数据集,所述蛋白质功能注释数据集中的每条蛋白...
多组学数据驱动的疾病靶点发现方法、系统和计算机存储介质
本发明公开一种多组学数据驱动的疾病靶点发现方法、系统和计算机存储介质,结合因果分析与多组学共定位,极大提高了候选基因的生物学可信度和可验证性,降低了噪声和假阳性结果;通过整合遗传学、表达调控和细胞状态信息,系统性筛选致病因子,提高了靶点发现...
基于加权集成卷积神经网络噬菌体宿主预测方法
本发明公开一种基于加权集成卷积神经网络噬菌体宿主预测方法,包括:对输入的噬菌体蛋白序列和宿主受体蛋白序列获得联合特征向量;将噬菌体‑宿主对作为正样本,对每个噬菌体随机选择非宿主细菌生成负样本,划分为M个子集,每个子集与全部正样本合并形成M个...
一种基于蛋白质语言模型和深度学习的真菌效应蛋白预测模型
一种基于蛋白质语言模型和深度学习的真菌效应蛋白预测模型,涉及生物信息学和深度学习技术领域,本发明方法为:一、真菌效应蛋白数据与非效应蛋白数据收集;二、通过蛋白质语言模型获取蛋白质嵌入;三、对数据进行过采样处理;四、深度学习模型构建;五、模型...
一种基于线性回归模型鉴定中性粒细胞亚群的分群方法
本发明公开了一种基于线性回归模型鉴定中性粒细胞亚群的分群方法,通过现有的中性粒细胞库筛选得到最佳特征基因集,并通过皮尔逊相关系数方法,计算得到未知亚群的中性粒细胞与G5a亚群、G5b亚群和G5b亚群的相关系数,基于相关系数计算得到每个中性粒...
一种基于选择性状态空间模型与半正定规划求解的RNA二级结构预测方法
本发明提出了一种基于选择性状态空间模型(SSM)与半正定规划(SDP)求解的RNA二级结构预测方法,旨在解决现有方法计算复杂度高、效率低以及长程依赖建模困难的问题。该方法通过选择性状态空间模型提取RNA序列的全局特征,以解决长程依赖问题。通...
一种糖基化点位预测的方法、装置、介质及设备
本发明公开了一种糖基化点位预测的方法、装置、介质及设备。该方法首先遍历待预测蛋白质序列,找出其中符合天冬酰胺‑X‑丝氨酸或苏氨酸序列基序的待评估点位,然后通过对对应天冬酰胺点位和丝氨酸或苏氨酸点位标记化处理,输入至蛋白质语言模型得到对应嵌入...
一种基于生物网络融合的致病驱动基因预测方法及相关设备
本发明提供了一种基于生物网络融合的致病驱动基因预测方法及相关设备,通过获取多种训练用驱动基因数据;基于蛋白质相互作用、基因序列相似性、KEGG通路共现、基因共表达模式及基因本体的语义相似性构建初始基因关系图谱,并将多种训练用人类驱动基因数据...
一种基于对比学习的抗氧化肽预测方法及系统
本发明涉及多肽序列识别技术领域,尤其涉及一种基于对比学习的抗氧化肽预测方法及系统;通过构建标准数据集和多模态对比学习模型,显著提升了抗氧化肽预测的准确性与可靠性,通过融合序列特征、理化性质特征和结构特征三大模态特征,结合对比学习机制在潜在空...
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