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一种基于循环微生物DNA特征的胃癌诊断模型及其应用
本发明提供一种基于循环微生物DNA特征的胃癌诊断模型及其应用;所述微生物包括Bacillaceae、Burkholderiaceae、Comamonadaceae、Hyphomicrobiaceae、Lysobacteraceae、Meth...
一种基于扩散模型的蛋白质构象系综建模方法
一种基于扩散模型的蛋白质构象系综建模方法,首先,提取蛋白质在原子级、残基级及整体拓扑结构上的关键特征,并将其输入基于图神经网络GNN的扩散模型中进行学习;在去噪过程中,引入Modeller算法对生成的构象进行物理修正,以确保其合理性和生物学...
基于深度生成模型与强化学习的蛋白质构象变化预测方法
本申请涉及一种基于深度生成模型与强化学习的蛋白质构象变化预测方法。该方法包括:获取多个样本数据构成样本数据集;对样本数据集的每个样本数据的第K+1帧至L帧分子动力学模拟轨迹数据进行掩码,获取被掩码样本数据集;将样本数据集、被掩码样本数据集和...
结合大语言模型和多层次对比学习的药物预测与筛选方法
本发明提供了结合大语言模型和多层次对比学习的药物预测与筛选方法,包括:步骤S1,获取BindingDB数据集和BioSNAP数据集并整合为基准数据集;步骤S2,利用分子大语言模型X‑MOL和蛋白质大语言模型ESM‑2分别基于基准数据集生成分...
一种基于PyTorch的高效柔性分子对接方法及装置
本发明公开一种基于PyTorch的高效柔性分子对接方法及装置,属于人工智能药物发现技术领域;对接方法包括:加载配置参数,并设置计算设备;解析配体文件和蛋白质文件,获得配体和蛋白质数据;创建Vina评分模型、变换模块,并初始化搜索算法;基于初...
基于肿瘤标志物的食管癌免疫数据预测装置、设备及存储介质
本申请公开了一种基于肿瘤标志物的食管癌免疫数据预测装置、设备及存储介质,涉及电数字数据处理技术领域,装置通过ctDNA的5hmC表观基因组测序和肿瘤组织琥珀酰化修饰水平分析,构建了更为全面的肿瘤微环境评估体系,解决了传统生物标志物(如PD‑...
一种基于酶活性位点和次要损失的酶最适pH预测方法
本发明属于蛋白质工程领域,具体涉及一种基于酶活性位点和次要损失的酶最适pH预测方法;包括:采用GraphEC模型对训练集中酶的蛋白质序列进行处理,得到每个氨基酸的活性值;提取酶的蛋白质序列的蛋白理化特征并对其进行处理,对处理后的特征进行平均...
具有灵活编辑窗口的多功能RNA碱基编辑器
本申请提供了一种具有可控编辑窗口的RNA碱基编辑器(例如,腺嘌呤碱基编辑器、胞嘧啶碱基编辑器、腺嘌呤/胞嘧啶双碱基编辑器)及其应用。另外,本申请还提供了系列用于RNA碱基编辑的新型TadA突变体,以及基于所述TadA突变体的碱基编辑工具。
开放阅读框预测方法、装置、电子设备以及介质
本申请实施例公开了一种开放阅读框预测方法、装置、电子设备以及存储介质,包括:获取脱氧核糖核酸序列对应的第一模态特征和核糖体测序信号对应的第二样本特征;基于双向交叉注意力机制、第一模态特征和第二模态特征,构建多模态特征;根据所述多模态特征和预...
用于高通量生物合成喷墨打印控制方法及控制装置
本发明涉及合成生物学领域,尤其是指用于高通量生物合成喷墨打印控制方法及控制装置,所述方法包括:从获取的DNA碱基序列文件中按序提取碱基数据,形成一维原始数组;根据预设打印宽度,将一维原始数组转换为二维阵列,同时进行可视化处理,为不同碱基赋予...
一种蛋白质序列性质预测方法、装置、设备和存储介质
本申请涉及一种蛋白质序列性质预测方法、装置、设备和存储介质,其中,所述方法包括:基于ESM蛋白质语言模型和多任务分类器,构建多任务分类模型;将蛋白质序列数据集输入至多任务分类模型中进行训练,蛋白质序列数据集包括多个指定蛋白质序列以及对应的标...
一种基于微生物活性监测的开郁曲发酵过程动态控制方法
本申请提供一种基于微生物活性监测的开郁曲发酵过程动态控制方法,包括:根据数据集,提取显著变化趋势特征,确定酸碱度偏移的时间窗口和幅度范围,以及相应的产物组分偏离程度;根据目标菌群组合的特性,从预设的调控策略库中匹配对应的酸碱度调整方案,获取...
利用中介序列MSA与扩散掩码机制的肽序列生成模型及生成方法
本发明涉及一种利用中介序列MSA与扩散掩码机制的肽序列生成模型及生成方法,具体为包含进化信息的肽序列AI模型训练方法。创新性引入中介序列,解决肽因序列过短而无法直接获取进化信息的问题。首先对肽数据集构建MSA,对于其中无法构建有效MSA的,...
一种基于简易基因组组装的无参考基因组物种个体识别方法
本发明涉及一种简易基因组组装的无参考基因组物种个体识别方法,属于生物信息学和遗传学技术领域。针对缺乏参考基因组的物种,本发明提供了一种完整的个体识别流程,包括简易基因组的组装、群体SNP位点库的构建以及低深度测序数据的个体识别验证。本发明的...
基于多维基因修剪的生成对抗网络微阵列数据缺失值填补方法
本发明涉及一种基于多维基因修剪的生成对抗网络微阵列数据缺失值填补方法,包括以下步骤:将含有缺失值的原始数据分成两大类,含有缺失值的基因集合,完整的基因集合;将缺失率最高的缺失基因从中挑出记为目标基因;剩余基因与完整基因集一起进行基因修剪;采...
基于多智能体协同的零代码生物信息分析方法及装置
本发明提出一种基于多智能体协同的零代码生物信息分析方法和装置,包括:通过提示词将大语言模型设定为多个智能体,利用多个智能体,共同对工具库里的工具进行打分和重排,经过讨论找到最佳的匹配工具;利用多个探索者的智能体,根椐不同工具的输入输出参数进...
数据处理方法、生物数据表征模型训练方法以及计算设备
本说明书实施例提供数据处理方法、生物数据表征模型训练方法以及计算设备,该生物数据表征模型训练方法包括:确定至少两类生物训练数据,并确定待训练的生物数据表征模型;基于所述至少两类生物训练数据,确定至少两类生物训练样本、以及所述至少两类生物训练...
一种生物反应器输入性波动预测预报方法与系统
本发明涉及一种生物反应器输入性波动预测预报方法与系统,包括:基于反应器外生变量以及外部环境变量的历史样本,生成历史样本特征数据集;提取外生变量与外部环境变量之间基于copula熵的关联关系特征,生成重构序列特征数据集;运用基于概率编程框架的...
一种基于深度学习的蛋白质功能预测方法及系统
本发明涉及生物信息学领域,提供一种基于深度学习的蛋白质功能预测方法及系统。该方法包括:构建蛋白质的多模态数据集;通过编码器对所述多模态数据集进行特征提取,获得多模态特征;通过所述多模态特征训练神经网络,获得预测模型;通过所述预测模型对待测的...
一种面向菌种开发的智能检索推理方法及系统
本发明属于人工智能与合成生物学交叉技术领域,公开一种面向菌种开发的智能检索推理方法及系统,该方法包括:从开放获取数据库中采集便携式文档格式文档,经过文档解析处理,生成轻量级标记语言文件,并通过语义拆分成文本段落,形成数据集;以拆分后的文本段...
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