南京邮电大学郭丽获国家专利权
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龙图腾网获悉南京邮电大学申请的专利一种基于miRNA-mRNA调控关系的合成致死基因组合的特征构建方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN115762645B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-03-27发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202211549221.5,技术领域涉及:G16B40/00;该发明授权一种基于miRNA-mRNA调控关系的合成致死基因组合的特征构建方法是由郭丽;窦宇阳;向阳洋;任玉杰;任得康设计研发完成,并于2022-12-05向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种基于miRNA-mRNA调控关系的合成致死基因组合的特征构建方法在说明书摘要公布了:本发明属于生物信息领域,公开了一种基于miRNA‑mRNA调控关系的合成致死基因组合的特征构建方法,包括以下步骤:获取isomiR序列,利用信息熵量化miRNA对应isomiR序列的不确定性,作为miRNA的特征;获取miRNA‑mRNA调控关系,找到对合成致死相关基因具有调控关系的miRNA,用表达相关系数作为权重对miRNA特征计算加权平均值;合成致死基因组合的特征即为2个相关基因上述计算结果的均值。本发明从isomiR角度出发,融入miRNA的调控作用以描述多分子关联,构建出具有系统生物学意义的合成致死基因组合特征,在构建合成致死基因组合预测模型时,提高了模型生物学方面的可解释性。
本发明授权一种基于miRNA-mRNA调控关系的合成致死基因组合的特征构建方法在权利要求书中公布了:1.一种基于miRNA-mRNA调控关系的合成致死基因组合的特征构建方法,其特征在于,包括以下步骤: 获取isomiR序列,根据isomiR表达数据获取所有isomiR的染色体坐标及其对应前体和成熟miRNA的名称;根据前体的名称,从hsa.gff3中获得前体的染色体坐标,从hairpin.fa中获取前体的序列;根据isomiR的染色体坐标与前体坐标的相对位置,从前体序列中提取出isomiR序列,其中正链的坐标起点在序列头部,负链的坐标起点在序列尾部;从hsa.gff3中前体对应成熟miRNA中,根据成熟miRNA名称找到isomiR对应成熟miRNA的染色体坐标,将相对于成熟miRNA坐标偏移量超出4nt的isomiR去除; 对miRNA利用信息熵量化miRNA对应isomiR5’端和3’端序列的不确定性,作为miRNA的特征,记为MIH: ; MIH表示miRNA的特征,L表示经典miRNA长度变化范围,其范围为±4nt,i为其中某位置,表示某位置碱基出现的频率,表示某位置碱基不出现的频率; 获取miRNA-mRNA调控关系,找到对合成致死相关基因具有调控关系的miRNA,对于所有调控某个mRNA的miRNA,对它们的MIH用表达相关系数作为权重计算加权平均值,作为mRNA的特征,记为m: ; m表示mRNA的特征,N为调控某个mRNA的miRNA数量,i表示其中一个miRNA,r为表达相关系数,MIH表示miRNA的特征; 合成致死基因组合的特征即为2个相关基因上述计算结果的均值,用于输入机器学习模型。
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