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龙图腾网获悉中国海洋大学申请的专利基于注意力机制的三维蛋白质-配体活性预测方法获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN115512785B 。

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-03-10发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202211069779.3，技术领域涉及：G16C20/30；该发明授权基于注意力机制的三维蛋白质-配体活性预测方法是由魏志强;潘飞龙;王卓亚;林庆辉;殷波;刘昊设计研发完成，并于2022-09-01向国家知识产权局提交的专利申请。

本基于注意力机制的三维蛋白质-配体活性预测方法在说明书摘要公布了：本发明属于人工智能辅助药物设计技术领域，具体公开了一种基于注意力机制的三维蛋白质‑配体活性预测方法，本发明通过构建分子三维信息提取网络，进行分子表征，通过球形信息传递方法和具有物理意义的特征组合起来，提取蛋白质配体结合位姿的三维信息；通过构建基于注意力机制的三维图神经网络模型来对蛋白质配体相互作用进行预测，包括构象预测与结合亲和力预测，最终输出预测结果。

本发明授权基于注意力机制的三维蛋白质-配体活性预测方法在权利要求书中公布了：1.基于注意力机制的三维蛋白质-配体活性预测方法，其特征在于，包括以下步骤： 步骤1、构建数据集，将蛋白质、配体三维结构信息作为输入，用于预测结合亲和力、构建虚拟筛选模型、模拟虚拟筛选场景； 步骤2、构建分子三维信息提取网络，进行分子表征，提取蛋白质-配体复合物的三维信息；所述三维信息提取网络包括输入模块、消息传递模块、多个交互模块和输出模块，输入模块用于为图形结构的边k构造初始消息；消息传递模块使用球形消息传递方法和多种物理表示，将分子图形结构由三维信息唯一表示，并将原子的相对位置信息合并到球坐标系中；交互模块通过合并所有物理表示来更新初始消息；输出模块聚合所有传入的消息以更新节点的特征； 步骤3、构建基于注意力机制的三维图神经网络模型来对蛋白质-配体相互作用进行预测，包括构象预测与结合亲和力预测；其中所述基于注意力机制的三维图神经网络模型包括图注意力层、连接层、图池化层、全连接层，在预测时，采用以下方法： 步骤3.1、构建两个邻接矩阵，将提取的蛋白质-配体复合物的三维信息嵌入到两个邻接矩阵中，学习蛋白质-配体相互作用对每个原子的节点特征的影响； 步骤3.2、设计距离感知注意力算法，来区分各种类型的分子间相互作用；使用图注意力层学习蛋白质-配体相互作用，使模型专注于分子间相互作用，最终获得图注意力层门控增强更新的节点特征； 步骤3.3、将步骤3.2得到的特征进行组合得到聚合特征后，输入图池化层学习的成对原子非键相互作用以生成复合物的分子间相互作用； 步骤3.4、使用批量归一化层增强的全连接层用作最终蛋白质-配体相互作用预测的任务网络，生成预测结果。

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