买专利卖专利找龙图腾，真高效！ 查专利查商标用IPTOP,全免费！专利年费监控用IP管家,真方便！

龙图腾网获悉浙江大学医学院附属第一医院申请的专利基于高通量转录组测序数据进行eRNA鉴定、调控靶标预测和功能注释的方法获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN117275579B 。

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-02-27发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202311239820.1，技术领域涉及：G16B25/00；该发明授权基于高通量转录组测序数据进行eRNA鉴定、调控靶标预测和功能注释的方法是由张育炜;廖奇;李磊;龚力海;戎浩;丁若凡;陈文燕设计研发完成，并于2023-09-25向国家知识产权局提交的专利申请。

本基于高通量转录组测序数据进行eRNA鉴定、调控靶标预测和功能注释的方法在说明书摘要公布了：本发明公开了基于高通量转录组测序数据的eRNA转录鉴定、调控靶标预测和功能注释的方法，特点是包括将筛选获得的非编码RNA中转录起始位点位于增强子区域的部分鉴定为eRNA的步骤；获取同时出现在eRNA‑蛋白编码基因共表达网络和以eRNA为中心的调控网络中的eRNA相关的蛋白编码基因，构建eRNA‑蛋白编码基因关系网络，再提取与eRNA直接连接或紧密连接的蛋白编码基因，预测为eRNA的潜在调控靶标的步骤；最后将eRNA的潜在调控靶标进行功能富集分析，预测得到eRNA功能注释的结果的步骤，优点是适用范围更广能够应用于所有eRNA且更精确地获得eRNA与蛋白编码基因之间的作用形式。

本发明授权基于高通量转录组测序数据进行eRNA鉴定、调控靶标预测和功能注释的方法在权利要求书中公布了：1.一种基于高通量转录组测序数据进行eRNA鉴定、调控靶标预测和功能注释的方法，其特征在于包括以下步骤： 1eRNA鉴定 A.收集细胞或组织样本的转录组RNA测序数据或者新生RNA测序数据进行从头组装，获得组装后的转录本； B.将步骤1A获得的转录本过滤后，采用CPC2软件预测转录本的蛋白编码能力，筛选获得非编码RNA； C.将基因组数据库中具有H3K27ac组蛋白修饰特征、H3K4me1组蛋白修饰特征、染色质开放特征和RNA聚合酶II结合特征中至少一个特征的区域定义为增强子候选区域，将增强子候选区域的中心上游3000bp到下游3000bp的区域定义为增强子区域，或者将增强子数据库中某一个或多个已被注释的区域定义为增强子区域； D.将步骤1B筛选获得的非编码RNA中转录起始位点位于步骤1C获得的增强子区域的部分，鉴定为eRNA，并获得eRNA的染色体位置信息； 2eRNA的调控靶标预测 A.eRNA和蛋白编码基因的表达定量 收集组织或细胞样本进行RNA-seq测序，或者从转录组测序数据库中获得RNA-seq数据，计算每个样本中eRNA的表达量和在参考基因组中已注释的蛋白编码基因的表达量，若获取的样本为单一类型的样本，则采用已注释的蛋白编码基因用于后续分析，若获取的样本为包含正常组织和疾病组织的对照样本，则从已注释的蛋白编码基因中筛选出存在差异表达的蛋白编码基因用于后续分析，eRNA和蛋白编码基因的表达定量采用featureCount软件或者计算公式进行定量； B.构建eRNA-蛋白编码基因共表达网络 将步骤2A计算获得的所有样本的eRNA表达量与用于后续分析的蛋白编码基因表达量进行Pearson相关分析，构建eRNA及与其存在表达相关性的蛋白编码基因的eRNA表达相关矩阵；将步骤2A计算获得的用于后续分析的蛋白编码基因表达量两两之间进行Pearson相关分析，构建存在表达相关性的蛋白编码基因之间的蛋白表达相关矩阵；将eRNA表达相关矩阵与蛋白表达相关矩阵合并，获得eRNA-蛋白编码基因共表达网络； C.构建以eRNA为中心的调控网络 获取在eRNA染色体位置上结合的转录因子、eRNA相关的RNA结合蛋白，以及eRNA介导的成环相关靶基因，构建以eRNA为中心的调控网络； D.整合步骤2B构建的eRNA-蛋白编码基因共表达网络与步骤2C构建的以eRNA为中心的调控网络中，提取出在两个网络中同时出现的eRNA和蛋白编码基因的连接关系，构建更高可靠性的eRNA-蛋白编码基因关系网络； E.将步骤2D构建的eRNA-蛋白编码基因关系网络通过枢纽法提取与eRNA直接连接的蛋白编码基因，将蛋白编码基因作为eRNA的潜在调控靶标；或基于聚类算法的软件进行模块法分析，提取与eRNA紧密连接的基因模块，将基因模块中的蛋白编码基因作为eRNA的潜在调控靶标； 3eRNA的功能注释 将步骤2获得的eRNA的潜在调控靶标采用基于超几何分布算法的软件进行功能富集分析，预测得到eRNA功能注释的结果。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术，可联系本专利的申请人或专利权人浙江大学医学院附属第一医院，其通讯地址为：310009 浙江省杭州市上城区庆春路79号；或者联系龙图腾网官方客服，联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

以上内容由龙图腾AI智能生成。