南京师范大学陈晓健获国家专利权
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龙图腾网获悉南京师范大学申请的专利一种基于快速检索的配体对接姿势虚拟筛选方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN116246696B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-02-24发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202310319885.0,技术领域涉及:G16B15/30;该发明授权一种基于快速检索的配体对接姿势虚拟筛选方法是由陈晓健;顾彦慧;刘畅;张先锋;夏浩辉;李杨;李亚飞;王金兰设计研发完成,并于2023-03-29向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种基于快速检索的配体对接姿势虚拟筛选方法在说明书摘要公布了:本发明公开了一种基于快速检索的配体对接姿势虚拟筛选方法,包括:对配体构象信息数据进行预处理,建立得到以检索树空间索引结构的索引表;输入已知的活性配体构象,利用检索树空间索引结构来快速检索和筛选与查询构象相似的潜在候选构象,将最相似的top‑k查询结果作为top‑k构象结果;对检索得到的top‑k构象结果进行评估,比较输出top‑k候选构象与天然构象的实际RMSD值,验证筛选结果的准确性,对筛选策略进一步优化。本发明基于配体分子的空间数据,利用三维空间检索树组织数据结构、创建索引,以减少搜索范围,从而能够在海量配体结构数据中快速检索出最佳对接姿势结构,有效提高预测性能。
本发明授权一种基于快速检索的配体对接姿势虚拟筛选方法在权利要求书中公布了:1.一种基于快速检索的配体对接姿势虚拟筛选方法,其特征在于,包括如下步骤: S1:对配体构象信息数据进行预处理,建立得到检索树空间索引结构的索引表; S2:输入已知的活性配体构象,利用检索树空间索引结构来快速检索和筛选与查询构象相似的潜在候选构象,将最相似的top-k查询结果作为top-k构象结果; S3:对检索得到的top-k构象结果进行评估,比较输出top-k候选构象与天然构象的实际RMSD值,验证筛选结果的准确性,对筛选策略进一步优化; 步骤S1中基于配体构象空间位置关系对配体构象的生物信息数据进行预处理,具体的处理步骤为: A1:处理配体对接候选数据集,得到单种配体的不同构象的生物信息,同时得到不同候选构象与天然配体构象间的RMSD值; A2:提取各个构象中的原子空间位置信息,将其对应的三维结构转换为一组特征点,每个特征点包含坐标和类型信息;在空间中用一个最小包围盒覆盖该构象中的所有特征点; A3:将特征点集合按照层次结构构建一个检索树,其中每个叶节点存储一个特征点,每个非叶节点存储其子节点的最小包围盒; 步骤S2具体包括如下步骤: B1:提取已知的活性配体构象中的原子空间位置信息,将已知的活性配体构象的三维结构转换为一组特征点,每个特征点包含坐标和类型信息; B2:将已知的活性配体构象的特征点集合在建立的检索树中进行检索,以层级方式与待筛选的候选构象进行相似性匹配,根据匹配的特征点的数量和距离计算RMSD值,即相似性得分; B3:根据相似性得分对待筛选的候选构象进行排序,选取得分最高的一部分候选构象作为候选配体构象,得到top-k的对接姿势结果。
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