北京航空航天大学;西湖大学栾钟治获国家专利权
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龙图腾网获悉北京航空航天大学;西湖大学申请的专利基于自注意力机制的双向肽段测序方法及应用获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN115862742B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-02-24发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202211615090.6,技术领域涉及:G16B30/10;该发明授权基于自注意力机制的双向肽段测序方法及应用是由栾钟治;郭天南;吴思宇;王群莹;何林璇设计研发完成,并于2022-12-15向国家知识产权局提交的专利申请。
本基于自注意力机制的双向肽段测序方法及应用在说明书摘要公布了:本发明提供一种基于自注意力机制的双向肽段测序方法及应用,包括:获取质谱原始数据,处理所述质谱原始数据得到肽段特征以及与所述肽段特征关联的二级碎片离子谱图:将所述肽段特征和所述二级碎片离子谱图输入到双向肽段测序模型中的双向独立测序模型中输出双向独立预测候选序列,将所述肽段特征和所述二级碎片离子谱图输入到双向肽段测序模型中的双向交互测序模型中输出双向交互预测候选序列,取所述双向独立预测候选序列和所述双向交互预测候选序列的并集作为最终候选序列;将所述最终候选序列再次输入到所述双向独立测序模型中进行评分,选取评分最高的肽段序列作为预测结果,进而实现可以脱离数据库而直接从实验产生的二级谱图及一级谱图的精确质量进行肽段序列的推断的效果,有利于新肽段蛋白的发现。
本发明授权基于自注意力机制的双向肽段测序方法及应用在权利要求书中公布了:1.一种基于自注意力机制的双向肽段测序方法,其特征在于,包括以下步骤: 特征提取和预处理:获取质谱原始数据,处理所述质谱原始数据得到肽段特征以及与所述肽段特征关联的二级碎片离子谱图; 双向预测:将所述肽段特征和所述二级碎片离子谱图输入到双向肽段测序模型中的双向独立测序模型中输出双向独立预测候选序列,将所述肽段特征和所述二级碎片离子谱图输入到双向肽段测序模型中的双向交互测序模型中输出双向交互预测候选序列,取所述双向独立预测候选序列和所述双向交互预测候选序列的并集作为最终候选序列; 其中所述双向独立测序模型包括编码器、注意力解码器以及强度解码器,所述二级碎片离子谱图输入到所述编码器中进行编码后得到二级谱图全局特征,预测完成的前向和后向的肽段序列分别独立输入到所述注意力解码器中的位置编码模块编码得到序列位置编码,所述序列位置编码输入到所述注意力解码器中的肽段序列自注意力机制模块中输出肽段向量特征,所述肽段向量特征和所述二级谱图全局特征共同输入谱图-序列注意力机制中得到关联特征,对应前向和后向的二级碎片离子谱图输入到所述强度解码器后输出候选强度特征,所述候选强度特征和所述关联特征拼接后得到拼接特征,所述拼接特征被映射为双向独立预测候选序列; 所述双向交互测序模型包括编码器、注意力解码器以及强度解码器,所述二级碎片离子谱图输入到所述编码器中进行编码后得到二级谱图全局特征;预测完成的前向和后向的肽段序列同步输入到所述注意力解码器中的位置编码模块编码得到序列位置编码,所述序列位置编码输入到所述注意力解码器中的双向同步自注意力机制模块中输出肽段向量特征,所述肽段向量特征和所述二级谱图全局特征共同输入谱图-序列注意力机制中得到关联特征,对应前向和后向的二级碎片离子谱图输入到所述强度解码器后输出候选强度特征,所述候选强度特征和所述关联特征拼接后得到拼接特征,所述拼接特征被映射为双向交互预测候选序列; 重排序:将所述最终候选序列再次输入到所述双向肽段测序模型中进行评分,选取评分最高的肽段序列作为预测结果。
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