南方科技大学医院刘洋获国家专利权
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龙图腾网获悉南方科技大学医院申请的专利一种预测微生物DNA甲基化调控基因表达的方法以及系统获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN115273983B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-02-17发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202210809556.X,技术领域涉及:G16B30/20;该发明授权一种预测微生物DNA甲基化调控基因表达的方法以及系统是由刘洋;刘继鸿;杨亮设计研发完成,并于2022-07-11向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种预测微生物DNA甲基化调控基因表达的方法以及系统在说明书摘要公布了:本发明公开了一种预测微生物DNA甲基化调控基因表达的方法以及系统,包括对基因组测序,得到基因组组装数据和DNA甲基化修饰信号;对基因组组装数据注释,得到转录调控区域和基因编码区;从DNA甲基化修饰信号中选取甲基化位点,获取甲基化位点与转录调控区域发生位置重叠的第一位置重叠区域以及与基因编码区发生位置重叠的第二位置重叠区域;根据两个位置重叠区域,预测甲基化位点与基因之间的关系。本发明利用SMRT测序技术搭建基因和DNA甲基化的一一对应关系,能够获取全基因组中可能受到DNA甲基化调控的基因,从而减少实验时间,缩小DNA甲基化调控的基因的范围,以高通量方式提高对微生物DNA甲基化的调控方式的解读。
本发明授权一种预测微生物DNA甲基化调控基因表达的方法以及系统在权利要求书中公布了:1.一种预测微生物DNA甲基化调控基因表达的方法,其特征在于,所述方法包括: 获取微生物的基因组,并对所述基因组进行单分子实时测序,得到基因组组装数据和DNA甲基化修饰信号; 对所述基因组组装数据进行基因组注释,得到转录调控区域和基因编码区; 从所述DNA甲基化修饰信号中选取甲基化位点,获取所述甲基化位点与所述转录调控区域发生位置重叠的第一位置重叠区域,以及所述甲基化位点与所述基因编码区发生位置重叠的第二位置重叠区域;所述从所述DNA甲基化修饰信号中选取甲基化位点,获取所述甲基化位点与所述转录调控区域发生位置重叠的第一位置重叠区域,以及所述甲基化位点与所述基因编码区发生位置重叠的第二位置重叠区域,包括: 从所述DNA甲基化修饰信号中获取全部甲基化位点; 将全部所述甲基化位点划分为第一甲基化位点、第二甲基化位点和第三甲基化位点,其中,所述第一甲基化位点是所述DNA甲基化修饰信号中信号覆盖度低于覆盖度阈值和或信号识别质量值低于识别质量值阈值的所述甲基化位点;所述第二甲基化位点和第三甲基化位点是所述DNA甲基化修饰信号中信号覆盖度高于所述覆盖度阈值和信号识别质量值高于所述识别质量值阈值的所述甲基化位点,且所述第二甲基化位点对应的甲基化率高于甲基化率阈值,所述第三甲基化位点对应的甲基化率低于所述甲基化率阈值; 分别获取所述第一甲基化位点、所述第二甲基化位点和所述第三甲基化位点与所述转录调控区域发生位置重叠的第一位置重叠区域,以及分别获取所述第一甲基化位点、所述第二甲基化位点和所述第三甲基化位点与所述基因编码区发生位置重叠的第二位置重叠区域; 根据所述第一位置重叠区域或所述第二位置重叠区域,预测所述甲基化位点与所述微生物的基因之间的关系。
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