江苏理工学院常珊获国家专利权
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龙图腾网获悉江苏理工学院申请的专利基于deBruijn图的肽序列组装方法和装置获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN115171786B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-02-17发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202210752688.3,技术领域涉及:G16B30/10;该发明授权基于deBruijn图的肽序列组装方法和装置是由常珊;陆翼;葛成;蔡标;徐晴;张莉莉;孔韧设计研发完成,并于2022-06-28向国家知识产权局提交的专利申请。
本基于deBruijn图的肽序列组装方法和装置在说明书摘要公布了:本发明提供一种基于deBruijn图的肽序列组装方法和装置,所述方法包括以下步骤:获取轻重链序列数据,并使用所述轻重链序列数据创建序列比对数据库;将肽序列测试数据进行k‑mer处理,得到k‑mer序列集合;将所述k‑mer序列集合与所述序列比对数据库进行比对,得到比对得分;若所述k‑mer序列集合中是轻重链混合数据,则将所述比对得分分为轻链和重链两类,分别构建deBruijn图,若所述k‑mer序列集合是轻链或者重链数据,则直接构建deBruijn图;在所述deBruijn图中进行序列组装,得到组装好的肽序列。本发明能够将肽序列片段在区分轻重链的条件下进行肽序列组装,组装效率有了很大的提高,组装结果有效可靠。
本发明授权基于deBruijn图的肽序列组装方法和装置在权利要求书中公布了:1.一种基于deBruijn图的肽序列组装方法,其特征在于,包括以下步骤: 获取轻重链序列数据,并使用所述轻重链序列数据创建序列比对数据库; 将肽序列测试数据进行k‑mer处理,得到k‑mer序列集合; 将所述k‑mer序列集合与所述序列比对数据库进行比对,得到比对得分; 若所述k‑mer序列集合中是轻重链混合数据,则将所述比对得分分为轻链和重链两类,分别构建deBruijn图,若所述k‑mer序列集合是轻链或者重链数据,则直接构建deBruijn图; 在所述deBruijn图中进行序列组装,得到组装好的肽序列,构建deBruijn图,具体包括:根据肽序列的置信度和所述比对得分计算权重值,并基于所述权重值构建所述deBruijn图,构建deBruijn图的具体流程如下:假设测序阶段获得肽序列为read测序片段集合,将其中每一个read划分为若干个连续碱基组成的k‑mer序列集合,其中,k‑mer是指在一个read中连续的k个碱基所组成的碱基序列,每一个k‑mer为图中的一个顶点,若存在两个k‑mer,其中一个k1的后k‑1个碱基与另一个k2的前k‑1个碱基相同,那么k1和k2之间必然存在一条由k1指向k2的有向边,与此同时,给有向边赋予权重值,权重值的计算公式如下: 其中,s和t的计算公式如下: 其中,l为测序所得的一个肽序列的长度,λ为相应比对得分的百分比,k为一个k‑mer序列的长度,数组为测序所得的一个肽序列的置信度集合,以此类推。
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