中国海洋大学王芳获国家专利权
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龙图腾网获悉中国海洋大学申请的专利一种基于高通量测序的蟹类攻击性基因筛选方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119252325B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-02-10发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202411243961.5,技术领域涉及:G16B20/30;该发明授权一种基于高通量测序的蟹类攻击性基因筛选方法是由王芳;梁启航;刘大鹏;朱柏杉设计研发完成,并于2024-09-05向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种基于高通量测序的蟹类攻击性基因筛选方法在说明书摘要公布了:一种基于高通量测序的蟹类攻击性基因筛选的方法,包括通过镜像实验与攻击性评测模型评估蟹的攻击性,选取不同攻击性表型的蟹;利用转录组学分析,识别不同攻击性表型蟹胸神经节的差异基因,每组生物学重复不少于3;对差异基因进行KEGG富集分析,筛选前n条差异信号通路,以得到攻击性差异基因子集;通过基因集富集分析,筛选差异基因子集中对富集得分贡献大的基因,作为目标基因集;采用表达量相关性分析,获取攻击性表型调控的关键基因集;以关键基因集中的受体蛋白为核心调控蛋白。本发明通过层级筛选,挖掘与攻击性相关的核心基因,揭示并验证攻击性调控的靶蛋白‑配体信号通路,为分子育种技术在甲壳动物的应用提供理论与实践支持。
本发明授权一种基于高通量测序的蟹类攻击性基因筛选方法在权利要求书中公布了:1.一种基于高通量测序的蟹类攻击性基因筛选的方法,包括以下步骤: 步骤1,通过镜像实验与攻击性评测模型评估蟹的攻击性,选取不同攻击性表型的蟹; 其特征还包括以下步骤: 步骤2,利用转录组学分析,识别不同攻击性表型蟹胸神经节的差异基因,每组生物学重复不少于3; 步骤3,对差异基因进行KEGG富集分析,筛选前n条差异信号通路,以得到攻击性差异基因子集; 步骤3.1,采用R语言对步骤2获取的差异基因进行KEGG通路富集分析; 步骤3.2,对上述分析结果采用Fisher精确检验,当P0.05时,说明该KEGG通路功能存在显著富集情况,显著富集的KEGG通路数量记为Q1; 步骤3.3,将显著富集的KEGG通路按P值从小到大进行排序,最终得到的差异基因子集中的基因数量记为Q2: 情况1:Q1≥20 若n=20时,Q2≤500,则筛选前20条差异信号通路中富集的基因作为差异基因子集; 若n=20时,Q2500,则计算前n-1条差异信号通路中富集的基因,直到Q2≤500; 情况2:Q120 若n=Q1时,Q2≤500,则筛选前Q1条差异信号通路中富集的基因作为差异基因子集; 若n=Q1时,Q2500,则计算前n-1条差异信号通路中富集的基因,直到Q2≤500; 步骤4,通过基因集富集分析GSEA,筛选差异基因子集中对富集得分贡献大的基因,作为目标基因集: 步骤4.1,若Q2≤50,则差异基因子集中的基因全部作为目标基因集,直接进行步骤5; 若Q250,则通过R语言对差异基因子集进行GSEA分析; 步骤4.2,GSEA的筛选标准为|NES|1,FDR0.25,其中NES为标准化富集得分,FDR为多重假设检验矫正后的P值;|NES|越大,FDR值越小,富集越显著; 步骤4.3,对差异基因子集中的基因,根据NES得分采用Signal2Noise排序算法,先验基因集的大小为15~Q2; 步骤4.4,将对富集得分贡献最大的基因成员组合,作为目标基因集; 步骤5,采用表达量相关性分析,获取攻击性表型调控的关键基因集; 步骤6,以关键基因集中的受体蛋白为核心调控蛋白。
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