南开大学刘健获国家专利权
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龙图腾网获悉南开大学申请的专利一种基于空间转录组的细胞类型无偏定位方法及系统获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN116364180B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-02-10发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202310339311.X,技术领域涉及:G16B20/30;该发明授权一种基于空间转录组的细胞类型无偏定位方法及系统是由刘健;阮志涵;陈娇设计研发完成,并于2023-03-30向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种基于空间转录组的细胞类型无偏定位方法及系统在说明书摘要公布了:本发明涉及空间转录组测序数据分析技术领域,提供了一种基于空间转录组的细胞类型无偏定位方法及系统,包括:通过空间聚类方法,将空间转录组数据中的采样点划分为若干个类别;通过解卷积法,得到每个采样点的细胞类型比例,并将某个细胞类型在某个采样点中的比例,作为该细胞类型在该采样点处的富集分数;基于富集分数,筛选出具有空间异质性的细胞类型;对于每个具有空间异质性的细胞类型,基于富集分数筛选出具有空间异质性的采样点,得到一个空间异质性点集,并将所述空间异质性点集与所有组织区域进行匹配,得到最佳匹配组织区域。使得空间转录组中大部分的细胞类型能够找到其空间聚集模式,发现空间中的细胞类型共定位。
本发明授权一种基于空间转录组的细胞类型无偏定位方法及系统在权利要求书中公布了:1.一种基于空间转录组的细胞类型无偏定位方法,其特征在于,包括: 获取组织切片的空间转录组数据; 通过空间聚类方法,将空间转录组数据中的采样点划分为若干个类别,一个类别表示组织切片中一个组织区域; 基于空间转录组数据,通过解卷积法,得到每个采样点的细胞类型比例,并将某个细胞类型在某个采样点中的比例,作为该细胞类型在该采样点处的富集分数; 所述解卷积法为:SPOTlight方法、spacexr方法和stereoscope方法中的一种或多种; 所述SPOTlight方法将空间数据与单细胞参考数据进行集成,利用非负矩阵因子回归方法进行初始化,然后根据每种细胞类型的标记基因和空间基因表达数据,采用非负最小二乘法得到每个采样点的细胞类型比例; 所述spacexr方法将空间转录组数据视为符合泊松分布,在给定提供的单细胞数据后,读取每种细胞类型中所有基因的平均表达,然后采用逐步拟合的方法,找到最符合采样点基因表达的一种或两种细胞类型,然后用最大似然估计法拟合泊松分布的参数,进而推断出采样点中的细胞类型比例; 所述stereoscope方法将单细胞参考表达数据和空间转录组数据都视为符合负二项分布,在给定提供的单细胞数据后,通过查找最大似然估计获得细胞类型分布特定参数的值,最后根据观测到的空间数据,利用细胞类型的先验分布,估计每个采样点的细胞类型比例; 基于富集分数,对每种细胞类型计算全局莫兰指数,筛选出具有空间异质性的细胞类型; 对于每个具有空间异质性的细胞类型,基于富集分数筛选出具有空间异质性的采样点,得到一个空间异质性点集,并将所述空间异质性点集与所有组织区域进行匹配,得到最佳匹配组织区域; 所述空间异质性点集与所有组织区域进行匹配的步骤为: 1将一个组织区域所包含的所有采样点构成的点集,称为一个组织区域点集; 2对于某个细胞类型,计算该细胞类型的空间异质性点集与每个组织区域点集的F1分数,并选取最高的F1分数对应的组织区域,作为该细胞类型的最佳匹配组织区域; 3对于某个细胞类型,若存在多个最佳匹配组织区域,则将每个最佳匹配组织区域扩大后作为一个新的组织区域,并返回步骤2。
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