长春大学孙立岩获国家专利权
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龙图腾网获悉长春大学申请的专利基于麻雀搜索算法在GWAS数据中检测上位性的方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119108009B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-02-06发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202410884400.7,技术领域涉及:G16B20/20;该发明授权基于麻雀搜索算法在GWAS数据中检测上位性的方法是由孙立岩;边靖雯;辛翌;姜林青;郑琳宣设计研发完成,并于2024-07-03向国家知识产权局提交的专利申请。
本基于麻雀搜索算法在GWAS数据中检测上位性的方法在说明书摘要公布了:本发明涉及计算机科学、生物学技术领域,特别涉及一种基于麻雀搜索算法在GWAS数据中检测上位性的方法,包括载入GWAS数据,计算最大上位性阶数与列联表最大长度;初始化麻雀群体的位置;计算群体中麻雀的适应度;更新发现者的位置;更新追随者的位置;生成新的麻雀;在群体中筛选麻雀检测上位性;判断是否陷于局部最优;生成结果。上述方法能够全面评估与疾病状态相关的SNP组合,提升了分析深度;能够自动识别与疾病状态显著相关的上位性相互作用的阶数,更加符合实际需求;在迭代中基于SNP权重向量生成新的个体,并根据检测结果在每次迭代中更新SNP权重向量,引导群体的进化方向;解决了检测上位性相互作用时的假阳性问题。
本发明授权基于麻雀搜索算法在GWAS数据中检测上位性的方法在权利要求书中公布了:1.一种基于麻雀搜索算法在GWAS数据中检测上位性的方法,其特征在于,包括如下步骤: S1、载入全基因组关联研究数据,计算最大上位性阶数mo与列联表最大长度ml; S2、初始化麻雀群体的位置;生成n个长度为mo的向量,代表群体中n只麻雀的位置; S3、计算群体中麻雀的适应度,包括K2、CE和Gini目标函数; S4、更新发现者的位置;将麻雀群体分为发现者与追随者,发现者相对于追随者在群体中具有更优的适应度; S5、更新追随者的位置; S6、生成新的麻雀; 首先在群体中随机选取n×sd只麻雀,对于每个被选中的麻雀a,如果它是当前群体中的最优麻雀,那么算法会根据pss向量存储的概率,从GWAS数据上的所有SNP中随机选取mo个SNP,形成一个新的位置向量即麻雀并将其纳入群体;如果a不是最优个体,算法将随机选择一个比a更优的发现者b,然后从a和b的位置向量中各自选取一半的SNP来组合成一个新的位置向量,并将这个新向量即麻雀加入到群体中; S7、在群体中筛选麻雀检测上位性;利用K2函数在mo阶SNP组合上检测2至mo阶的上位性相互作用; S8、判断是否陷于局部最优;通过分析群体中去重SNPs的比例来评估搜索过程是否达到局部最优; 判断是否陷于局部最优具体如下: 通过分析群体中去重SNPs的比例来评估搜索过程是否达到局部最优,如果到达了局部最优,则移除掉群体中排名最靠前的n×sd个麻雀,否则,移除群体中排名最靠后的n×sd个麻雀,计算式如下: ; 其中,spasChaos指标用于判断群体是否达到局部最优状态,如果spasChaosthresholdSpasChaos,认为群体已经陷入局部最优的状态;thresholdSpasChaos是算法运行的参数之一,可以由用户指定,默认值是0.6;n代表群体中麻雀的数量,mo是最大上位性阶数; S9、生成结果。
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