北京诺禾致源科技股份有限公司王强辉获国家专利权
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龙图腾网获悉北京诺禾致源科技股份有限公司申请的专利基因组中保守非编码元件CNEs的鉴定方法及装置获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN120781143B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-02-03发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202511288144.6,技术领域涉及:G06F18/24;该发明授权基因组中保守非编码元件CNEs的鉴定方法及装置是由王强辉;姜晓雪;田仕林;黄万龙;张凯建;申少奇;李萍设计研发完成,并于2025-09-10向国家知识产权局提交的专利申请。
本基因组中保守非编码元件CNEs的鉴定方法及装置在说明书摘要公布了:本发明公开了一种基因组中保守非编码元件CNEs的鉴定方法及装置。其中,该方法包括:将多个高质量基因组中的其他基因组分别与参考基因组进行比对,得到基因组比对结果;对物种进化关系拓扑结构和基因组比对结果进行鉴定,得到保守序列位置信息gff文件;对gff文件进行过滤,得到CNEs.gff文件;从CNEs.gff文件中提取CNEs序列;根据CNEs序列确定CNEs分化序列;对CNEs分化序列的目标基因进行功能富集分析,得到多个高质量基因组中CNEs鉴定结果。本发明解决了相关技术中在鉴定CNEs时,往往受到基因组结构变异的影响,导致对CNEs的鉴定不全面或存在误判的技术问题。
本发明授权基因组中保守非编码元件CNEs的鉴定方法及装置在权利要求书中公布了:1.一种基因组中保守非编码元件CNEs的鉴定方法,其特征在于,包括: 从多个高质量基因组中选择参考基因组,其中,所述高质量基因组为满足以下条件的基因组:染色体水平的基因组、BUSCO值不小于第一预定阈值、ContigN50不小于第二预定阈值; 将所述多个高质量基因组中除所述参考基因组的其他基因组分别与所述参考基因组进行全基因组比对,得到基因组比对结果; 根据物种进化关系拓扑结构和所述基因组比对结果生成多物种基因组比对矩阵; 对所述多物种基因组比对矩阵进行保守序列鉴定,得到以所述参考基因组为参考的保守序列位置信息gff文件; 根据所述参考基因组的编码区域位置信息过滤掉所述保守序列位置信息gff文件中保守序列中包含外显子区域的序列,得到CNEs.gff文件; 从所述CNEs.gff文件中提取所述多个高质量基因组中的CNEs序列; 根据所述CNEs序列确定物种分化期出现的CNEs分化序列; 对所述CNEs分化序列中预定CNEs范围的目标基因进行功能富集分析,得到所述多个高质量基因组中CNEs鉴定结果; 其中,根据所述CNEs序列确定物种分化期出现的CNEs分化序列,包括:利用FastTree邻接法根据对所述CNEs序列生成序列邻接树;根据所述序列邻接树使用Paml软件中ancestral模块进行祖先CNEs预测,得到祖先CNEs预测结果;利用python脚本计算各所述物种与所述序列邻接树中的根节点祖先序列的分化时间;根据所述分化时间确定在物种分化期间出现的所述CNEs分化序列。
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