中山大学附属第八医院(深圳福田)李青娇获国家专利权
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龙图腾网获悉中山大学附属第八医院(深圳福田)申请的专利一种预测肿瘤瘤内微生物来源免疫原性肽段的方法及其应用获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN116246708B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-02-03发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202310162954.1,技术领域涉及:G16B40/00;该发明授权一种预测肿瘤瘤内微生物来源免疫原性肽段的方法及其应用是由李青娇;李奇燕设计研发完成,并于2023-02-17向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种预测肿瘤瘤内微生物来源免疫原性肽段的方法及其应用在说明书摘要公布了:本发明公开了一种预测肿瘤瘤内微生物来源免疫原性肽段的方法及其应用,主要包括以下步骤:收集肿瘤组织RNA‑seq数据,筛选与肿瘤免疫相关的微生物标志物,预测微生物中具有免疫原性的肽段。本发明首次提出了一种基于对肿瘤RNA‑seq数据的充分挖掘从而预测肿瘤微生物中免疫原性肽段的方法,从而实现了为肿瘤免疫治疗提供新靶点,提高肿瘤患者的生存率和预后效果的可能性。
本发明授权一种预测肿瘤瘤内微生物来源免疫原性肽段的方法及其应用在权利要求书中公布了:1.一种肿瘤瘤内微生物来源的免疫原性肽段的预测方法,包括如下步骤: 1收集肿瘤样本RNA-seq数据; 2去除RNA-seq数据中的人类宿主序列,进行微生物多样性分析,寻找差异性微生物; 3对RNA-seq数据中的人类宿主基因进行差异表达分析,并对差异表达基因进行富集分析和功能化聚体分析; 4分析差异表达基因的表达与免疫浸润细胞的相关性,并对RNA-seq数据中的细胞类型进行富集分析; 5将富集分析后得到的富集模块整理为基因表达矩阵,对基因表达矩阵进行主成分分析,计算主成分1与微生物相对丰度之间的相关性,以及微生物相对丰度与免疫细胞浸润分数之间的相关性,最终挑选出同时与富集模块和免疫相关的特异性微生物; 6筛选样本中的转录本,翻译成蛋白,构建样本特异性微生物蛋白质库;对RNA-seq数据进行HLA分型,计算HLA等位基因所在样本中的TCRCDR3基序的出现频次,对TCRCDR3基序与差异性微生物的丰度水平进行Spearman相关分析,得到“HLA-TCR基序-微生物”三联关系;对具有“HLA-TCR基序-微生物”三联关系的肽段进行HLA结合亲和力筛选,即得肿瘤瘤内微生物来源的免疫原性肽段。
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