佛山科学技术学院刘庆友获国家专利权
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龙图腾网获悉佛山科学技术学院申请的专利一种分析鉴定筛选骨骼肌长链非编码RNA中可编码ORFs的方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN115966256B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-01-27发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202310031964.1,技术领域涉及:G16B20/30;该发明授权一种分析鉴定筛选骨骼肌长链非编码RNA中可编码ORFs的方法是由刘庆友;黄孔威设计研发完成,并于2023-01-05向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种分析鉴定筛选骨骼肌长链非编码RNA中可编码ORFs的方法在说明书摘要公布了:本发明涉及一种分析鉴定筛选骨骼肌长链非编码RNA中可编码ORFs的方法,包括:取骨骼肌样本,分别对转录组、翻译组、蛋白质组进行建库测序;筛选长链非编码RNA内部具有潜在编码能力的ORFs作为集合1;分别计算长链非编码RNA和mRNA的ORFs的核糖体释放评分RRS,以RRS得分大于1.24的ORFs作为候选ORFs,取这些候选ORFs与上述集合1的交集,形成集合2;分析骨骼肌内所有小肽,与集合2筛选的ORFs可形成的理论翻译小肽比对,筛选能唯一比对的ORFs即为所述骨骼肌长链非编码RNA中可编码ORFs。本发明有利于高效分析鉴定筛选肌肉发育调控关键性分子。
本发明授权一种分析鉴定筛选骨骼肌长链非编码RNA中可编码ORFs的方法在权利要求书中公布了:1.一种分析鉴定筛选骨骼肌长链非编码RNA中可编码ORFs的方法,其特征在于,包括如下步骤: 步骤1、取骨骼肌样本,分别对转录组、翻译组、蛋白质组进行建库测序,建库测序方法与常规流程一致,分别获得转录组数据、翻译组数据、蛋白质组数据; 步骤2、对步骤1获得的转录组数据进行分析,筛选长链非编码RNA内部具有潜在编码能力的ORFs作为集合1; 步骤3、分析步骤1中获得的转录组和翻译组数据,分别计算长链非编码RNA和mRNA的ORFs的核糖体释放评分RRS,以RRS得分大于1.24的ORFs作为候选ORFs,取这些候选ORFs与上述集合1的交集,形成集合2; 所述RRS的计算公式为:,公式中表示位于编码区转录本的表达量、表示位于编码区上游3’非编码区转录本的表达量、代表该部分所分析的数据来源于翻译组测序数据、代表该部分所分析的数据来源于转录组测序数据; 步骤4、通过步骤1中获得的蛋白质组数据分析骨骼肌内所有小肽,与集合2筛选的ORFs可形成的理论翻译小肽比对,筛选能唯一比对的ORFs作为集合3,所述集合3中的ORFs即为所述骨骼肌长链非编码RNA中可编码ORFs; 所述步骤2中筛选长链非编码RNA内部具有潜在编码能力的ORFs作为集合1的步骤为:首先使用ORFfinder工具预测所述转录组数据中长链非编码RNA内部所有潜在ORFs,提取其中起始密码子为ATG且长度范围为60~450bp的ORFs;随后通过fickett和hexamer算法以mRNA编码能力得分前95%做为筛选可编码ORFs的条件,从上述提取的ORFs中筛选具有潜在编码能力的ORFs作为集合1。
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