中日友好医院(中日友好临床医学研究所);予果生物科技(北京)有限公司詹庆元获国家专利权
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龙图腾网获悉中日友好医院(中日友好临床医学研究所);予果生物科技(北京)有限公司申请的专利一种panel内引物兼容性筛选方法、系统及存储介质获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN116798516B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-01-23发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202310746052.2,技术领域涉及:G16B25/20;该发明授权一种panel内引物兼容性筛选方法、系统及存储介质是由詹庆元;夏涵;吴小静;官远林设计研发完成,并于2023-06-21向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种panel内引物兼容性筛选方法、系统及存储介质在说明书摘要公布了:本发明公开了一种panel内引物兼容性筛选方法、系统及存储介质,方法包括:将多个引物池合并为待排序的引物池,将引物池按照引物长度与兼并度排序;采用多进程滑窗式对比的方式进行引物对比,为了加快对比进程,加入了哈希算法,以互补配对长度、配对区域GC含量、自由能和互补配对所需的退火温度为兼容性评估因素,计算各因素的加权得分,记录引物二聚体信息后结果输出。相较于现有的引物兼容性筛选方法,随着引物池规模的扩大,对比所需时间和内存会以指数级增长,且过于依赖研发人员手动比较,本发明能够在较短时间内精确地输出高风险的引物对。本发明为制作病毒panel提供另外一种途径。
本发明授权一种panel内引物兼容性筛选方法、系统及存储介质在权利要求书中公布了:1.一种panel内引物兼容性筛选方法,所述panel包含多个引物池,其特征在于,所述引物兼容性筛选的方法包括: 将所述多个引物池合并,获得待排序的引物池; 将所述待排序的引物池中的引物转换为基于文本用于表示核酸序列的格式,然后按照引物长度与兼并度进行排序,获得已排序的引物池; 对所述已排序的引物池采用多进程滑窗式对比的方式进行引物对比,评估引物对兼容性,计算加权得分; 所述多进程滑窗式对比首先定义一个进程池,进程池中进程个数为n个,挑选已排序的引物池中的前n个引物,每个引物与自身及排序在其身后的引物进行对比,完成一个对比后,按照顺序向进程池中补充引物,直至所有引物对比结束; 所述评估引物对兼容性的因素包括互补配对长度、配对区域GC含量、自由能和互补配对所需的退火温度; 所述加权得分的计算公式为:互补配对长度的平方值×配对区域GC含量的平方值-1×自由能×互补配对所需的退火温度; 根据兼容性评估结果,记录引物二聚体信息,并输出结果。
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