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东北林业大学韩若冰获国家专利权

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龙图腾网获悉东北林业大学申请的专利基因结构注释的方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119601079B

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-01-09发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202311156052.3,技术领域涉及:G16B20/00;该发明授权基因结构注释的方法是由韩若冰;李和平;王强辉;邢海华;孙子惠设计研发完成,并于2023-09-08向国家知识产权局提交的专利申请。

基因结构注释的方法在说明书摘要公布了:本发明提供了一种基因结构注释的方法,涉及生物技术相关领域。其通过所研究物种与近缘物种的全基因组序列比对鉴定得到目标物种和近缘物种的核心基因集,再提取其中核心基因的最长转录本序列整合到转录组的结果中以完善和提高目标物种转录组数据注释的质量,为进一步提高基因结构注释的全面性和准确性提供扎实、可靠、全面的参考基础。

本发明授权基因结构注释的方法在权利要求书中公布了:1.一种基因结构注释的方法,其特征在于,按照以下步骤进行: 步骤1.转录组组装:利用Trinity软件对目标物种的转录组数据进行组装; 步骤2.数据准备:从NCBI,CNGB等公共数据库中下载目标物种的近缘物种的最长转录本的核酸序列以及编码蛋白质的氨基酸序列文件; 步骤3.基因家族聚类:运用OrthoFinder软件对同源物种的基因集进行基因家族聚类分析,并通过基因家族聚类结果鉴定得到近缘物种的直系同源基因对; 步骤4.判断步骤2中的近缘物种是否存在目标物种的同属同种近缘物种; 步骤5.将步骤3中筛选得到的近缘物种基因组中共有的直系同源基因对定义为核心基因集,并选择其中最近缘物种的最长转录本作为候选的参考序列; 步骤6.如果存在同属同种的近缘物种,则将同属同种近缘物种中的最长转录本序列整合到步骤1的转录组组装结果中;如果不存在同属同种的近缘物种,则利用PAML软件对所有物种进行祖先一致性序列的预测,并提取其中的祖先序列作为参考序列,再与步骤1中的转录组结果进行合并,得到目标物种辅助注释的参考转录本序列; 步骤7.使用PASAProgramtoAssembleSplicedAlignments软件对步骤6中得到的转录本集合进行注释,以弥补转录组数据不全或者质量不够高的不足; 步骤8.以步骤7中得到的基因结构作为骨架,使用EVMEVidenceModeler软件,设置合理的权重值,对从头预测、同源注释以及转录组注释结果进行整合,获得质量较高的基因结构注释结果。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术,可联系本专利的申请人或专利权人东北林业大学,其通讯地址为:150040 黑龙江省哈尔滨市香坊区和兴路26号;或者联系龙图腾网官方客服,联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

以上内容由龙图腾AI智能生成。

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