粤港澳大湾区精准医学研究院(广州)冯晓敏获国家专利权
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龙图腾网获悉粤港澳大湾区精准医学研究院(广州)申请的专利一种引物与探针的设计方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN120544659B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-01-06发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202510602427.7,技术领域涉及:G16B5/00;该发明授权一种引物与探针的设计方法是由冯晓敏;金健;许伟宏设计研发完成,并于2025-05-12向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种引物与探针的设计方法在说明书摘要公布了:本发明属于核酸检测技术领域,具体涉及一种引物与探针的设计方法。本技术方案前置PTCD预测并由此筛选出候选扩增子区,有效避免了二级结构对引物结合的阻碍,提高扩增效率和灵敏度。同时,引入一系列PTCD与引物探针互作性的参数阈值,弥补了引物探针设计的缺失环节,设计在不同模板背景下的普适性和特异性。该方法适用于检测不同种属的基因表达、基因突变。此外,流程设计的标准化使其能够与CRISPR技术、单细胞测序、NGS等新技术结合,具有广阔的技术拓展空间。本技术方案通过优化引物和探针设计,规避了靶标核酸的二级结构,围绕PTCD,突破了引物探针设计的瓶颈,显著提高了多重qPCR和dPCR的扩增效率和检测灵敏度,具有重要的技术创新性和应用价值。
本发明授权一种引物与探针的设计方法在权利要求书中公布了:1.一种基于PCR模板动态构象PTCD设计多重qPCR和dPCR引物及探针的方法,所述方法包括如下步骤: S1.筛选扩增子区域:输入靶标核酸序列信息,利用模型,模拟所述序列在PCR试验退火温度下PTCD信息; S2.识别并筛选候选扩增子区域,所述候选扩增子区域序列满足以下条件: S2.1在候选区域5'端及3'端各延伸200bp的侧翼区域内,单链非线性构象的数量≤3;所述单链非线性构象包括发夹结构、茎环结构及G-四链体; S2.2候选区域的CG含量≤55%; S3.基于PTCD与引物探针的互作关系,设计满足S3.1、S3.2、S3.3和或S3.4条件的引物探针组合: S3.1引物3'端末尾的5个碱基与候选区域内任何PTCD构象的互补匹配长度<3bp; S3.2探针全序列与候选区域内任何PTCD构象的互补匹配自由能>-5kcalmol,即探针全序列不存在与扩增子内任何PTCD的互补情况; S3.3引物3'端最后3个碱基不包含连续同源二核苷酸AA或TT; S3.4引物5'端初始的5个碱基与候选区域内任何PTCD构象的互补匹配长度<3bp; S4.结合常规引物探针参数完成最终设计,所述参数包括长度、Tm值、GC%和二聚体形成情况; S5.利用insilicoPCR工具,验证PCR特异性。
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