中国医学科学院血液病医院(中国医学科学院血液学研究所)张孝兵获国家专利权
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龙图腾网获悉中国医学科学院血液病医院(中国医学科学院血液学研究所)申请的专利一种全长质粒质控的方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN117275576B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-01-06发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202310557911.3,技术领域涉及:G16B20/50;该发明授权一种全长质粒质控的方法是由张孝兵;杨智学;张智康;张健萍设计研发完成,并于2023-05-17向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种全长质粒质控的方法在说明书摘要公布了:本发明公开了一种全长质粒质控的方法。所述方法包括:利用靶向质粒骨架序列的Cas9sgRNA复合物将环状质粒线性化,然后进行纳米孔测序得到原始数据,将得到的原始数据进行自动化分流,并分析得到测序完整性、数据预警、质粒中存在的插入、缺失或突变情况、污染情况判定,最终将所有相关结果自动输出到一个单独的报告文件中,得到全长质粒的质控信息。本发明的方法能够低成本、高效率地直接在单分子水平上对质粒序列进行全长测序,不依赖PCR,同时能够辨别出质粒的少量污染情况。
本发明授权一种全长质粒质控的方法在权利要求书中公布了:1.一种全长质粒质控的方法,其特征在于,所述方法包括:利用靶向质粒骨架序列的Cas9sgRNA复合物将环状质粒线性化,然后进行纳米孔测序得到原始数据,将得到的原始数据进行预处理后进行数据分析,得到全长质粒的质控信息; 所述靶向质粒骨架序列的Cas9sgRNA复合物中的sgRNA的核酸序列包括SEQIDNO.1-SEQIDNO.15所示的序列; 所述数据分析的流程包括预处理数据分流及可视化分析、测序完整性分析、数据预警分析、质粒中存在的插入、缺失及突变检测分析和污染鉴定分析; 所述预处理数据分流及可视化分析包括:根据Cas9sgRNA切割位点上下游45-50bp序列生成6个17ntgrep抓取序列,对原始数据进行分流,将原始数据与对应的参考序列进行排序,利用IGV可视化工具获得可视化图片; 所述测序完整性分析包括:读取每个质粒分流出来的数据,以载体参考序列长度为准,测序序列长度在参考序列长度90-110%范围内视为完整,完整reads数占该质粒总reads数的比例视为完整率; 所述数据预警分析包括:将测序数据与参考序列进行比对,设置差异阈值,超过差异阈值的数据判定为预警数据,反之认定为正常数据;所述差异阈值为与参考序列全长具有90%相似度; 所述插入、缺失及突变检测分析包括:对预警处理后的正常数据提取共识序列,将共识序列与参考序列进行比对,并自动识别异常点,记录存在突变、插入、缺失的区域; 所述污染鉴定分析包括:分析预警数据,辨别与原始质粒序列差异较大的污染以及大于等于20nt差异的微小污染,所述污染鉴定的内容包括污染类别、污染数据量、污染率、污染数据共识序列和污染数据共识序列与参考序列的比对结果。
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