海南大学李志刚获国家专利权
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龙图腾网获悉海南大学申请的专利一种真核生物泛转录组注释方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN114373506B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-01-02发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202111671919.X,技术领域涉及:G16B20/00;该发明授权一种真核生物泛转录组注释方法是由李志刚;缪卫国;纪晓贝设计研发完成,并于2021-12-31向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种真核生物泛转录组注释方法在说明书摘要公布了:本发明提供一种真核生物泛转录组注释方法,包括以下步骤:将3个以上不同来源的真核物种样品转录组数据比对到参考基因组上,获得相应的基因结构注释信息,整合,得到依赖参考基因组的转录组注释结果;将样品转录组数据进行拼接组装,获得相应的成熟转录本序列信息,将成熟转录本序列信息比对参考基因组,获得相应的基因结构信息,得到不依赖参考基因组的转录组注释结果;整合结构转录本注释信息,过滤无法比对参考基因组的转录本,得新的转录本注释信息;整合样品高通量转录组数据,可获得目标真核物种的泛转录组注释信息。本发明可获得真核生物更加完整的转录组注释结构,采用不同策略相互辅证,极大地提高了注释准确率。
本发明授权一种真核生物泛转录组注释方法在权利要求书中公布了:1.一种真核生物泛转录组注释方法,其特征在于:包括以下步骤: 1依赖参考基因组的转录组注释:将3个以上不同来源的真核物种样品转录组数据比对到参考基因组上,获得相应的基因结构注释信息,整合,得到依赖参考基因组的转录组注释结果,即结构注释信息gg1-gg3; 所述样品转录组数据比对到参考基因组上,采用cufflinks方法进行比对; 采用cuffmerge方法进行所述整合基因结构注释信息; 2不依赖参考基因组的转录组注释:将所述样品转录组数据进行拼接组装,获得相应的成熟转录本序列信息,将成熟转录本序列信息比对参考基因组,获得相应的基因结构信息,得到不依赖参考基因组的转录组注释结果,即转录本结构注释信息gi-gi3; 采用SOAPdenovo或Trinity方法进行所述拼接组装; 3注释信息的整合和过滤:将结构注释信息gg1-gg3和转录本结构注释信息gi-gi3进行整合,并进行转录本结构比对,过滤无法比对的参考基因组的转录本,得新的转录本注释信息G1-G3; 4整合新的转录本注释信息G1-G3,获得目标真核物种的泛转录组注释信息; 步骤2中,所述成熟转录本序列信息比对参考基因组,采用PASA方法进行比对; 步骤3中,采用cuffcompare方法进行所述整合结构注释信息gg1-gg3和转录本结构注释信息gi-gi3。
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