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龙图腾网获悉华东师范大学申请的专利一种基于三维构象增强的无模版分子逆合成方法获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN120015140B 。

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-12-16发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202510154551.1，技术领域涉及：G16C10/00；该发明授权一种基于三维构象增强的无模版分子逆合成方法是由庄嘉熙;钱莹设计研发完成，并于2025-02-12向国家知识产权局提交的专利申请。

本一种基于三维构象增强的无模版分子逆合成方法在说明书摘要公布了：本发明公开了一种基于三维构象增强的无模版分子逆合成方法，旨在提高逆合成预测的准确性和泛化能力。本发明融合1DSMILES序列与3D构象信息，解决1D‑3D表示对齐和空间信息有效利用的挑战。方法采用Atom‑alignFusion模块保持原子标记与3D表示的对齐，并引入Distance‑weightedAttention机制，通过分子空间结构优化注意力分配。此外，结合SMILES对齐、数据增强随机原子排列、根原子对齐与注意力引导损失，进一步提升模型的预测能力。本发明无需依赖模板库或分子编辑工具，在USPTO‑50k数据集上取得显著的Top‑k准确率提升，超越现有无模板方法，达到先进水平，尤其在复杂分子结构的逆合成预测中展现出更优的性能。

本发明授权一种基于三维构象增强的无模版分子逆合成方法在权利要求书中公布了：1.一种基于三维构象增强的无模版分子逆合成方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤： 步骤A，构建Retro3D模型；获得分子SMILES表示和3D坐标数据，并设计基于Transformer架构的Retro3D模型，同时处理1DSMILES序列信息和3D构象信息； 步骤B，生成SMILES序列的1D嵌入表示；对分子SMILES序列进行词向量编码，将每个SMILES符号转换为1D嵌入表示，表征每个原子及其连接关系； 步骤C，提取3D构象信息并生成3D位置嵌入；从分子的3D构象中提取每个原子的空间位置信息，通过ComENet方法进行消息传递，生成每个原子的邻域信息，形成3D位置嵌入； 步骤D，Atom-alignFusion模块对齐1D和3D嵌入；将1DSMILES嵌入与3D位置嵌入对齐，生成融合嵌入F3D，确保SMILES字符与其对应的3D空间位置对齐； 步骤E，计算并构建3D距离矩阵；通过计算每对原子之间的欧几里得距离，生成初步的3D距离矩阵；使用高斯基函数将三维距离转换为高维表示，以增强模型对空间关系的理解； 步骤F，应用Distance-weightedAttention机制；在自注意力机制中引入3D距离权重，根据原子之间的空间关系重新分配注意力权重，模型能够集中关注化学反应区域内的原子对； 步骤G：SMILES对齐增强产物与反应物的对应关系；利用反应物与产物的原子映射关系，构建SMILES对齐映射，通过交叉注意力机制在模型训练中引导原子间的对应关系； 步骤H：数据增强与模型训练；通过随机重排原子顺序和对齐产物与反应物的根原子方式进行数据增强，提升模型的泛化能力；在训练过程中，优化损失函数，调整模型参数； 步骤I：推理与反应物生成；在推理阶段，使用束搜索策略从生成的候选反应物中选择Top-k结果，输出最优的反应物SMILES序列。

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