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龙图腾网获悉北京林业大学申请的专利全基因组水平预测杨树根特异性顺式调控元件与模块的方法获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN116758979B 。

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-12-16发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202310696618.5，技术领域涉及：G16B20/00；该发明授权全基因组水平预测杨树根特异性顺式调控元件与模块的方法是由张德强;卢纯昊;宋跃朋设计研发完成，并于2023-06-12向国家知识产权局提交的专利申请。

本全基因组水平预测杨树根特异性顺式调控元件与模块的方法在说明书摘要公布了：本发明属于生物信息学技术领域，具体涉及全基因组水平预测杨树根特异性顺式调控元件与模块的方法。本发明公开了一种在全基因组水平上预测杨树根特异性顺式调控元件和模块的方法，首次将FIMO和tidymodels进行联合，在全基因组预测杨树组织特异性顺式调控元件和模块。并且，将启动子区域做截断分析，分别运用5个启动子区域的TFBSs，构建随机森林预测模型，获得高特征分数的TFBSs作为候选CREs，利用候选CREs筛选根特异性顺式调控模块，并进行实验验证。本发明方法具有快速、高通量等特点，对于预测植物根特异性的顺式调控模块提供了技术支持，具有实用价值和广泛的应用前景。

本发明授权全基因组水平预测杨树根特异性顺式调控元件与模块的方法在权利要求书中公布了：1.一种在全基因组水平上预测杨树根组织特异性顺式调控元件和模块的方法，其特征在于，包括以下步骤： S101、利用FIMO，将全基因组序列作为输入文件，获得转录因子结合位点TFBSs在杨树全基因组的分布情况；所述步骤S101包括： S1011、从数据库网站获得杨树TFBSs的PWM矩阵； S1012、将每一基因起始密码子ATG-3000bp~+200bp定义为启动子区域； S102、利用自编python脚本统计每一基因启动子中TFBSs分布规律；所述步骤S102包括： S1021、将3200bp启动子区域分为上游200bp~下游1000bp，上游200bp~下游1500bp，上游200bp~下游2000bp，上游200bp~下游2500bp，上游200bp~下游3000bp5个区域； S1022、分别统计5个启动子区域的TFBSs分布特征； S103、结合RNA-seq数据和组织特异性参数τ，将基因进行分组； S104、利用tidymodels软件，将每一基因启动子中TFBSs的分布特征作为输入矩阵，以S103中的基因分组作为标签，构建随机森林预测模型； S105、调整预测模型参数，获得高性能评价分数和特征重要性分数； S106、根据特征重要性分数，筛选高特征分数的TFBSs作为候选CREs； S107、利用高特征分数的TFBSs，筛选顺式调控模块，进行实验验证。

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