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龙图腾网获悉上海市免疫学研究所申请的专利一种冠状病毒转录组鉴定分析方法及分析系统获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN115881221B 。

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-12-16发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202111152927.3，技术领域涉及：G16B30/10；该发明授权一种冠状病毒转录组鉴定分析方法及分析系统是由陈磊;吕霖;申瑶;耶尔·多赛特设计研发完成，并于2021-09-29向国家知识产权局提交的专利申请。

本一种冠状病毒转录组鉴定分析方法及分析系统在说明书摘要公布了：本发明公开了一种冠状病毒转录组鉴定分析方法，所述方法包括使用bwa软件将短reads档案库SRA中获得的冠状病毒二代测序原始fastq文件与NCBI参考基因组进行序列比对，生成BAM文件；通过bcftools调用和过滤单核苷酸多态性SNP，并用vcf‑annotator对SNP进行注释；对BAM文件进行CIGAR字符串解析及断点识别操作，进行sgRNA鉴定；将sgRNA鉴定结果生成表达矩阵并进行转录组分析。本发明还公开了一种冠状病毒转录组鉴定分析系统，所述系统包括储存器和处理器；所述存储器上存储有计算机程序，当所述计算机程序被所述处理器执行时，实现如上所述的方法。本发明所述的冠状病毒转录组鉴定分析方法及系统为冠状病毒生物学提供了新的认知手段，并为未来的治疗方法的发展提供了宝贵的资源。

本发明授权一种冠状病毒转录组鉴定分析方法及分析系统在权利要求书中公布了：1.一种冠状病毒转录组鉴定分析方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤： 步骤一、使用bwa软件将短reads档案库SRA中获得的冠状病毒二代测序原始fastq文件与NCBI参考基因组进行序列比对，生成BAM文件； 步骤一中，所述序列比对是指将通过核酸测序技术获得的核酸序列，与参考序列进行比较，从而获得该核酸序列与所述参考序列碱基的有无以及排列差异的过程，用于筛选存在断点的核酸序列；所述筛选是指在比对结果的BAM文件中，查找CIGAR字符串存在字母“H”或“S”的read，并将其信息记录下来的过程；所述字母“H”指代“hardclip”，即该read存在一端与参考序列对应位置完全不匹配的现象；所述字母“S”指代“softclip”，即该read虽有一端存在与参考序列不一致的现象，但并非完全不匹配，仍有部分碱基与参考序列一致； 步骤二、对步骤一获得的BAM文件通过bcftools调用和过滤单核苷酸多态性SNP，并用vcf-annotator对SNP进行注释；随后，根据某特定SNP的有无将收集的病毒株进行分组，用于后续转录组分析；同时，根据SNP所指示的碱基变化，在参考基因组的基础上对特定碱基进行更换，生成同义基因组序列； 步骤三、对所述步骤一中获得的BAM文件进行CIGAR字符串解析及断点识别操作，进行sgRNA鉴定； 步骤三中，所述字符串解析是指获取BAM文件中被比对序列与参考序列的比对情况的CIGAR字符串，对其进行信息提取，明确被比对序列分别与参考序列完全一致，不完全一致或完全不一致的位点位置，并获取所述三种比对情况在被比对序列上延伸长度的过程；所述断点识别，是指上述三种比对情况中任意两种同时存在于被比对序列时，提取两种比对情况所在区域的接合处在被比对序列以及参考序列上的位置并记录的过程；所述sgRNA鉴定，是指根据被比对序列的断点两侧序列在参考序列上的碱基位置，推测该被比对序列原属于该病毒何种基因表达产物的过程； 步骤四、将所述步骤三中的sgRNA鉴定结果构建表达矩阵并进行转录组分析，分析过程中，根据SNP有无，分离来源，项目来源进行分组，对不同分组的病毒株的各sgRNA表达量进行统计学比较。

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