中国科学院分子植物科学卓越创新中心韩斌获国家专利权
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龙图腾网获悉中国科学院分子植物科学卓越创新中心申请的专利基于高通量全基因组测序的多亲本作物基因型鉴定获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN114842907B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-12-16发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202110131330.4,技术领域涉及:G16B20/20;该发明授权基于高通量全基因组测序的多亲本作物基因型鉴定是由韩斌;朱舟;王阿红设计研发完成,并于2021-01-30向国家知识产权局提交的专利申请。
本基于高通量全基因组测序的多亲本作物基因型鉴定在说明书摘要公布了:本发明提供了基于高通量全基因组测序的多亲本作物基因型鉴定。具体地,包括:a对于n个亲本及其子代,提供待鉴定的子代作物的测序数据Df,以及与所述子代作物相应的亲本作物的测序数据Dp,其中n为≥3的正整数;b基于所述测序数据Df和所述测序数据Dp,确定亲代和子代的SNP位点信息;c基于所述的SNP位点信息,对子代的基因型进行判断,从而获得所述子代的各个SNP的评定结果以及所述子代的全基因组的各染色体上的重组断裂点的分布信息;d构建和或绘制所述子代的基因型图谱,从而获得所述多亲本作物的基因型鉴定结果。本发明的方法可高通量、快速、准确的对多亲本作物基因型进行鉴定。
本发明授权基于高通量全基因组测序的多亲本作物基因型鉴定在权利要求书中公布了:1.一种对多亲本植物的基因型进行鉴定的方法,其特征在于,所述方法包括: a对于n个亲本及其子代,提供待鉴定的子代植物的测序数据Df,以及与所述子代植物相应的亲本植物的测序数据Dp,其中n为≥3的正整数; b基于所述测序数据Df和所述测序数据Dp,确定亲代和子代的SNP位点信息; c基于所述的SNP位点信息,对子代的基因型进行判断,从而获得所述子代的各个SNP的评定结果以及所述子代的全基因组的各染色体上的重组断裂点的分布信息; d基于所述子代的SNP评定结果信息和全基因组重组断裂点的位置信息,构建和或绘制所述子代的基因型图谱,从而获得所述多亲本植物的基因型鉴定结果; 其中,步骤c中包括对重组断裂位点进行分析,从而获得重组断裂位点的分析结果, 并且所述的重组断裂位点分析包括: s1构建SNP“字串”,其中将亲本和子代的各条染色体上所有的SNP的基因型按顺序压缩成一个字串; s2按照预定的窗口大小,确定对应于所述SNP字符串的各个滑动窗口,并对每个窗口中的SNP位点进行打分,从而获得所述窗口内对各个亲本的各自得分值P; s3基于s2步骤中获得的得分值P,确定对应于子代的各染色体区域的基因型; 其中,在步骤s3中,包括:通过滑动窗口在全基因组SNP位点上的滑动,就可以得到每一条染色体上各个亲本的得分值,并将该分值为纵坐标,以每个滑动窗在染色体上的位置为横坐标,绘制每个亲本的得分曲线; 在步骤s3中,采用以下方式进行基因型评定: Z1若某一亲本在该区段得分值较高且其分值较为稳定,得分曲线接近平台期,同时其余亲本在该区段的得分曲线有较大的波动,标准差较大,得分曲线为波峰形上下起伏,就判断这一区段为该亲本的纯合基因型; Z2当判断亲本个数为两个时,可以根据两个亲本在某一区段二者都有较大的数值波动,标准差较大,就可以推断该区域为两个亲本的杂合基因型; Z3如果在某一区段有两个或多个亲本与子代都很相似,出现两个或多个高分值且标准差较小的亲本曲线,说明在分析的某几个亲本在这一区段非常相似,没有太大差异,可以暂时不做判断,即标记为“未知区域”; 其中,步骤b中,用于判断基因型的所述SNP位点满足下列要求: 一、SNP位点尽可能覆盖全基因组,不会在某些区域有缺失; 二、对于任何一个SNP位点,对应的两个亲本和子代的SNP信息都是可知的,即位置信息和基因型信息都是可知的,三者中任何一个不可知该位点就应当删去。
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