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龙图腾网获悉复旦大学附属肿瘤医院申请的专利一种用于识别转录来源肿瘤新抗原的方法以及装置获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN120673844B 。

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-12-12发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202510511542.3，技术领域涉及：G16B25/00；该发明授权一种用于识别转录来源肿瘤新抗原的方法以及装置是由黄胜林;赵晶晶设计研发完成，并于2025-04-23向国家知识产权局提交的专利申请。

本一种用于识别转录来源肿瘤新抗原的方法以及装置在说明书摘要公布了：本发明公开了一种用于识别转录来源肿瘤新抗原的方法以及装置，该方法包括：对患者的RNA‑seq数据进行比对，将比对后的结果进行转录本拼接以及进行转录本编码能力预测；获取转录本的剪接事件并对其进行注释；从拼接后的转录本中提取并定量外显子；对特异剪接事件和外显子产生的肿瘤特异性转录本进行整合，并预测肿瘤新抗原。该方法改进了肿瘤特异性转录本的识别策略，增加了单外显子转录本的识别，并优化了识别肿瘤特异性转录本和预测其翻译为蛋白质的流程，该方法能够从患者的RNA‑seq数据中高效识别肿瘤特异性转录本及其衍生新抗原肽，为肿瘤新抗原疫苗的开发提供了强有力的技术支持。

本发明授权一种用于识别转录来源肿瘤新抗原的方法以及装置在权利要求书中公布了：1.一种用于识别转录来源肿瘤新抗原的方法，其特征在于，包括以下步骤： 使用STAR对患者的RNA-seq数据进行比对，将比对后的结果通过StringTie进行转录本拼接，使用CPC2和CPAT评估转录本的编码潜能； 通过ASJA工具获取转录本的剪接事件并对其进行注释，具体为： 设定batch_junction.sh脚本中的参数，所述参数包括sample，gtf，stringtie_dir，coding，refs_junction_file_bed，refs_exon_file_bed，outdir，min_expr，maxfc，minfc，其中min_expr是肿瘤特异性剪接事件最低表达的阈值，maxfc是剪接事件与每个正常组织最大表达值相比较的倍数变化，minfc是剪接事件与每个正常组织中位表达值相比较的倍数变化，人类默认的对照正常组织文件是GETX_adjTCGA.txt，由tcga_junc参数控制； 通过自编写脚本从拼接后的转录本中提取并定量外显子，具体为： 设定batch_Exon.sh脚本中的参数，所述参数包括sample，STAR_dir，stringtie_dir，coding，out_dir，genecode_sort_exon，gencode_v29_annotation_junctions_filtered，min_expr，maxfc，minfc，其中min_expr是肿瘤特异性外显子最低表达的阈值，maxfc是外显子与每个正常组织最大表达值相比较的倍数变化，minfc是外显子与每个正常组织中位表达值相比较的倍数变化，人类默认的对照正常组织包括29种正常组织和TCGA癌旁组织，构成多外显子转录本的外显子参考文件由gtexnormal_path，gtexnormal_1，gtexnormal参数控制，其中gtexnormal_path是文件的参考文件的路径，gtexnormal_1是第一个正常组织的名字，默认为‘Adipose_Tissue’，其余正常组织的名字有gtexnormal参数传入； 外显子表达水平通过以下公式计算： e_ncov=e_covunique_mapped_read_of_STAR*1e7 其中，e_cov表示从StringTie结果中获取的外显子覆盖度，unique_mapped_read_of_STAR是RNA-seq经过STAR比对后唯一比对到样本的读段数目； 以GTEx数据库中29种正常组织的3178个样本作为默认对照队列，通过比较人类肿瘤样本与对照队列的剪接事件和外显子表达差异，筛选出肿瘤特异性转录本； 通过CPAT和CPC2的结果筛选具有翻译潜能的肿瘤特异性转录本，对由特异性剪接事件或外显子产生的多外显子转录本的ORF和具有翻译潜能的单外显子的ORF进行8-11的肽段划窗，进行MHCI类新抗原预测和筛选。

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