南方医科大学第三附属医院(广东省骨科研究院)王晓刚获国家专利权
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龙图腾网获悉南方医科大学第三附属医院(广东省骨科研究院)申请的专利一种基于人工智能的候选多肽药物生成方法及系统获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN120183538B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-12-12发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202510274649.0,技术领域涉及:G16C20/30;该发明授权一种基于人工智能的候选多肽药物生成方法及系统是由王晓刚;姚嘉伟设计研发完成,并于2025-03-10向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种基于人工智能的候选多肽药物生成方法及系统在说明书摘要公布了:本发明公开了一种基于人工智能的候选多肽药物生成方法及系统,涉及药物发现技术领域,所述方法包括:采集多肽药物分子及其对应靶标蛋白的序列数据、结构数据和相关性质标签,利用多肽及其靶标的相互作用位点信息,固定靶标蛋白结构,利用扩散模型生成多肽的骨架,将生成的多肽骨架进行逆折叠,从而生成新的候选多肽分子,并对预测结果进行分析。本发明实现了准确、高效以及低成本的快速识别和生成潜在的候选药物分子,有效地解决蛋白和多肽的结构信息,解决多肽在游离状态下难以建模的问题,结合蛋白的物理特性调整扩散过程,使其符合实际化学环境的约束。
本发明授权一种基于人工智能的候选多肽药物生成方法及系统在权利要求书中公布了:1.一种基于人工智能的候选多肽药物生成方法,其特征在于,包括: S1:采集多肽药物分子及其对应靶标蛋白的序列数据、结构数据和相关性质标签,所述相关性质包括功能和化学理化性质; S2:利用多肽及其靶标的相互作用位点信息,固定靶标蛋白结构,利用扩散模型生成多肽的骨架; 所述步骤S2中扩散模型构建过程包括: S21、数据预处理:获取相关的蛋白质相互作用数据,通过处理相互作用位点信息,提取疏水性、表面电荷、亲和力、活性和空间几何信息; S22、利用图卷积神经网络对靶标蛋白进行建模; S23、构建扩散模型:将靶标蛋白和结合蛋白固定在几何空间中,逐步向其添加噪声; S24、多任务学习,在扩散模型的训练中引入多任务学习框架,同时预测结合亲和力、几何结构和活性; S3:将生成的多肽骨架进行逆折叠,从而生成新的候选多肽分子,并对预测结果进行分析; 所述步骤S3中逆折叠包括: S31、数据预处理:获取相关多肽的序列和结构信息,引入多肽动态结构模拟数据,利用分子动力学模拟提取多肽在不同环境中的结构变化特征; S32、获取多肽序列的特征向量,利用词嵌入模型,将每个氨基酸映射为一个特征向量,捕捉氨基酸之间的语义关系,将其映射为固定维度的多肽序列特征向量; S33:获取结构特征向量,将多肽的动态结构特征输入到异构图卷积神经网络,异构图卷积神经网络输入多肽骨架的原子种类、位置以及化学键,并采用信息边传递; S34、将多肽序列的特征向量和结构特征向量输入到Transformer架构的神经网络中,预测多肽的C、H、O、N的三维坐标,学习从结构到序列的映射关系; S35、使用蒙特卡洛算法从多肽骨架产生的潜在向量进行解码,生成新的多肽序列; S36、利用自动学习策略选取信息熵较高的序列进行实验迭代,为每个序列计算其特征表示和预测输出分布,计算不确定性,具体计算如下: ; 其中,表示序列的特征向量,表示预测的第个类别,为模型预测的多肽亲和力的预测概率; 所述学习从结构到序列的映射关系表述如下: Loss=; 其中,代表第个氨基酸,N代表多肽链的长度,stur代表多肽的结构。
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