南京工业大学刘辉获国家专利权
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龙图腾网获悉南京工业大学申请的专利一种基于单细胞空间转录图谱的肺腺癌预后分子筛选方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN117497059B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-12-12发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202311514891.8,技术领域涉及:G16B35/20;该发明授权一种基于单细胞空间转录图谱的肺腺癌预后分子筛选方法是由刘辉;高钱满;罗居东设计研发完成,并于2023-11-15向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种基于单细胞空间转录图谱的肺腺癌预后分子筛选方法在说明书摘要公布了:一种基于单细胞空间转录图谱的肺腺癌预后分子筛选方法,通过生物信息学方法整合分析肺腺癌组织学模式lepidic和solid的单细胞测序和高通量测序数据,得到预后分子NECTIN2和PVR,并使用多重免疫荧光实验和空间转录组数据进行验证。具体包括:两种组织学模式患者的单细胞测序数据进行细胞质控、标准化、降维、聚类、细胞类型注释;对肿瘤细胞和免疫细胞进行细胞通讯分析,获得显著的共抑制受体配体对TIGIT_NECTIN2和TIGIT_PVR;使用高通量测序数据分析肿瘤细胞相关分子NECTIN2和PVR的预后情况;通过两种组织学模式患者的多重免疫荧光实验和空间转录组数据验证上述分子在不同模式中的表达差异和空间分布。
本发明授权一种基于单细胞空间转录图谱的肺腺癌预后分子筛选方法在权利要求书中公布了:1.一种基于单细胞空间转录图谱的肺腺癌预后分子筛选方法,其特征在于,步骤包括: 1对肺腺癌两种组织学模式患者的单细胞转录组测序数据进行细胞质控,然后对质控筛选后的单细胞转录组测序数据标准化、降维和聚类;最后进行细胞类型注释; 2对肿瘤细胞和免疫细胞进行细胞通讯分析,获得具有显著性的共抑制受体配体对:TIGIT_NECTIN2和TIGIT_PVR; 3使用高通量测序数据分析肿瘤细胞相关分子NECTIN2和PVR的预后情况; 4通过两种组织学模式患者的多重免疫荧光实验和空间转录组数据验证上述分子NECTIN2和PVR在不同模式中的表达差异和空间分布; 所述步骤1中,肺腺癌的两种组织学模式包括:鳞屑状lepidic和实体状solid; 1.1细胞质控是根据基因数、线粒体比例来过滤低质量细胞; 1.2标准化是对每个基因的表达值除以整个细胞中所有基因的表达值,再乘以10000,并进行对数转换; 1.3降维是将高维数据映射到较低维的空间; 1.4聚类是将相似的细胞分组到同一类别或簇中; 1.5细胞类型注释是通过计算各个细胞簇的差异marker基因来进行细胞注释; 所述步骤2中,提取单细胞转录组测序数据中每个细胞的基因表达矩阵,分析肿瘤细胞和免疫细胞之间的相互作用,具体地: 2.1对于每个细胞群集中的细胞,计算其与其他细胞之间的相互作用概率;这个概率是通过比较细胞中配对受体和配体基因的表达水平来计算的; 2.2进行统计显著性分析,筛选显著性的受体配体作用对,确定哪些配对受体-配体相互作用在细胞群集中是显著的; 所述步骤3中,使用高通量测序数据分析是使用癌症和肿瘤基因图谱TCGA肺腺癌患者的基因表达和生存数据进行生存分析;生存分析的步骤包括: 3.1将研究对象根据中位数分成高、低两组对病人进行生存资料的统计分析; 3.2绘制Kaplan-Meier生存曲线; 3.3Logrank检验计算P值; 所述步骤4中,所述多重免疫荧光实验和空间转录组数据验证是通过临床外科手术收集肺腺癌两种组织学模式患者的病理组织进行荧光染色和空间转录组测序,并计算肿瘤相关分子NECTIN2和PVR在不同组织学模式中的表达差异及空间分布。
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