杭州联川生物技术股份有限公司陈哲名获国家专利权
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龙图腾网获悉杭州联川生物技术股份有限公司申请的专利基于PDX模型的空间转录组数据分析方法、设备及存储介质获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN120808886B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-12-09发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202511301841.0,技术领域涉及:G16B25/10;该发明授权基于PDX模型的空间转录组数据分析方法、设备及存储介质是由陈哲名;张子豪;汤敏丹;史晓斌设计研发完成,并于2025-09-12向国家知识产权局提交的专利申请。
本基于PDX模型的空间转录组数据分析方法、设备及存储介质在说明书摘要公布了:本申请提供了一种基于PDX模型的空间转录组数据分析方法、设备及存储介质,涉及生物信息分析技术领域。包括以下步骤:提取测序序列中的坐标标识符、分子标识符和样本转录本序列;分析样本转录本序列,将测序序列初步归类为第一序列、第二序列、不确定序列和丢弃序列;计算每个分箱下的第一比值;根据第一比值,将分箱归类为第一分箱和第二分箱;将第一分箱内不确定序列重新归类为第一序列,将第二分箱内不确定序列重新归类为第二序列;S104,将所有的第一序列和第二序列分别合并分析,得到第一空间基因表达谱和第二空间基因表达谱。本申请提供的方法提高了空间转录组基因表达量分配的准确度和测序序列的利用率。
本发明授权基于PDX模型的空间转录组数据分析方法、设备及存储介质在权利要求书中公布了:1.一种基于PDX模型的空间转录组数据分析方法,其特征在于,包括以下步骤: S100,提取测序序列中用于记录坐标的坐标标识符、用于区分不同转录本的分子标识符和捕获的样本转录本序列; S101,分析样本转录本序列,将测序序列初步归类为第一序列、第二序列、不确定序列和丢弃序列; S102,分析坐标标识符,计算每个分箱下的第一比值,所述第一比值为被归类为第一序列的测序序列的数量和被归类为第一序列及第二序列的测序序列的总数量的比值; S103,根据所述第一比值,将所述分箱归类为第一分箱和第二分箱;将第一分箱内被归类为不确定序列的测序序列重新归类为第一序列,将第二分箱内被归类为不确定序列的测序序列重新归类为第二序列; S104,将所有的第一序列合并分析,得到第一空间基因表达谱;将所有的第二序列合并分析,得到第二空间基因表达谱; S101中,分析样本转录本序列,将测序序列初步归类为第一序列、第二序列、不确定序列和丢弃序列的方法如下: 对于每条测序序列,使用其中的样本转录本序列比对第一参考基因组和第二参考基因组,根据比对结果分为以下情况: 如果测序序列比对到第一参考基因组,但未比对到第二参考基因组,则将该测序序列归类为第一序列; 如果测序序列未比对到第一参考基因组,但比对到第二参考基因组,则将该测序序列归类为第二序列; 如果测序序列同时比对到第一参考基因组和第二参考基因组,则将该测序序列归类未不确定序列; 如果测序序列均未比对到第一参考基因组和第二参考基因组,则将该测序序列归类未丢弃序列; 所述S102中,分析坐标标识符,计算每个分箱下的第一比值的方法如下: S1021,根据坐标标识符,为测序序列附上坐标; S1022,结合所述坐标,获取测序序列所对应的分箱; S1023,以分箱为单位,统计每一分箱下被归类为第一序列的测序序列的数量,标记为第一数量;以及,被归类为第二序列的测序序列的数量,标记为第二数量; S1024,以第一数量除以第一数量和第二数量的总和得到该分箱下的第一比值。
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