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云南大学车荣晓获国家专利权

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龙图腾网获悉云南大学申请的专利一种用于检测病原微生物的特异性基因探针的设计方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN120412729B

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-12-09发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202510453855.8,技术领域涉及:G16B25/20;该发明授权一种用于检测病原微生物的特异性基因探针的设计方法是由车荣晓;马槊;刘冬;刘开放;王泽霖设计研发完成,并于2025-04-11向国家知识产权局提交的专利申请。

一种用于检测病原微生物的特异性基因探针的设计方法在说明书摘要公布了:本发明提供了一种用于检测病原微生物的特异性基因探针的设计方法,属于微生物检测技术领域,包括:获取目标病原菌的参考基因组数据、与所述目标病原菌同属的所有物种的参考基因组数据和所述目标病原菌种下所有菌株的基因组数据;利用MUMmer将所述目标病原菌的参考基因组数据与所有目标病原菌同属物种的参考基因组数据进行比对,获得所述目标病原菌参考基因组中与其他同属微生物参考基因组连续比对一致碱基数≥20的所有片段,记录所有片段的起始碱基位点与结束碱基位点;将所述目标病原菌的参考基因组打断为50ntk‑mer集,过滤掉所述50ntk‑mer集中的非特异性片段,获得初始候选探针集;对所述初始候选探针集进行过滤,获得候选探针集3;对所述候选探针集3进行过滤,获得特异性探针集。该设计方法直接在病原微生物的基因组数据中挖掘特异性探针,可胜任大规模探针设计工作,设计出的探针具有优异的分辨率,能够提高病原微生物检测的准确性,实现对病原微生物的精确检测。

本发明授权一种用于检测病原微生物的特异性基因探针的设计方法在权利要求书中公布了:1.一种用于检测病原微生物的特异性基因探针的设计方法,其特征在于,所述设计方法包括: 获取目标病原菌的参考基因组数据、与所述目标病原菌同属的所有物种的参考基因组数据和所述目标病原菌种下所有菌株的基因组数据; 利用MUMmer将所述目标病原菌的参考基因组数据与所有目标病原菌同属物种的参考基因组数据进行比对,获得所述目标病原菌参考基因组中与其他同属微生物参考基因组连续比对一致碱基数≥20的所有片段,记录所有片段的起始碱基位点与结束碱基位点; 将所述目标病原菌的参考基因组打断为50nt k‑mer集,过滤掉所述50nt k‑mer集中的非特异性片段,获得初始候选探针集; 对所述初始候选探针集进行过滤,获得候选探针集3; 当所述目标病原菌数目为1时,将所述候选探针集3中的k‑mer与NCBI NT库进行比对和过滤,生成特异性探针集; 当所述目标病原菌数目≥2时,分别将每个所述目标病原菌对应的所述候选探针集3与其余所述目标病原菌的基因组数据进行比对,过滤掉相似度高的k‑mer,获得多个特异性探针集; 其中,所述当所述目标病原菌数目为1时,将所述候选探针集3中的k‑mer与NCBI NT库进行比对和过滤,生成特异性探针集,具体包括: 当所述目标病原菌数目为1时,将所述候选探针集3中的k‑mer与NCBI NT库进行比对,筛选排除与非目标微生物基因序列存在≥20个连续比对一致碱基数或identity≥90的k‑mer,生成特异性探针集; 所述当所述目标病原菌数目≥2时,分别将每个所述目标病原菌对应的所述候选探针集3与其余所述目标病原菌的基因组数据进行比对,过滤掉相似度高的k‑mer,获得多个特异性探针集,具体包括: 当所述目标病原菌数目≥2时,分别将每个所述目标病原菌对应的所述候选探针集3与其余所述目标病原菌的基因组数据进行比对,将其中连续比对一致碱基数≥20个或identity≥90的k‑mer过滤掉,获得选探针集4; 分别将每个所述候选探针集4中的k‑mer与NCBI NT库进行比对,筛选排除与非目标微生物基因序列存在≥20个连续比对一致碱基数或identity≥90的k‑mer,生成多个特异性探针集。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术,可联系本专利的申请人或专利权人云南大学,其通讯地址为:650000 云南省昆明市翠湖北路2号;或者联系龙图腾网官方客服,联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

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