中国科学院计算技术研究所吴杨获国家专利权
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龙图腾网获悉中国科学院计算技术研究所申请的专利一种增强子启动子调控网络预测模型构建方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119446286B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-11-25发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202411370937.8,技术领域涉及:G16B40/20;该发明授权一种增强子启动子调控网络预测模型构建方法是由吴杨;齐晓宁;赵屹设计研发完成,并于2024-09-29向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种增强子启动子调控网络预测模型构建方法在说明书摘要公布了:本发明提供一种增强子启动子调控网络预测模型构建方法,包括:S1、获取原始数据集,原始数据集中包含多个生物样本的多个增强子‑启动子对数据,并将原始数据集划分为多个子集,其中,同一染色体对上的所有增强子启动子对划分到同一个子集;S2、子集进行预处理,每个子集均包含多个数据样本,每个数据样本为一个增强子启动子对,每个数据样本的特征向量为对应增强子启动子对的序列特征、该增强子启动子对之间的距离特征、该增强子启动子对对应的染色质开放性特征拼接形成的特征向量,每个数据样本的标签为对应增强子启动子对之间是否有相互作用;S3、基于预处理后的所有子集采用类别型特征梯度提升的方式,迭代构建多棵对称决策树组成预测模型。
本发明授权一种增强子启动子调控网络预测模型构建方法在权利要求书中公布了:1.一种增强子启动子调控网络预测模型构建方法,预测模型用于预测增强子启动子之间是否有相互作用,其特征在于,所述方法包括: S1、获取原始数据集,原始数据集中包含多个生物样本的多个增强子-启动子对数据,并基于染色体对将原始数据集划分为多个子集,其中,同一染色体对上的所有增强子启动子对划分到同一个子集;其中,按照如下方式划分子集: S11、获取原始数据集中每一染色体对上的增强子和启动子数量并统计每个染色体对上的增强子启动子正对个数;其中,增强子启动子正对是有相互作用的增强子启动子对; S12、将所有染色体对按照其上的增强子启动子正对个数进行排序,并将所有染色体对两两进行互补组合以使每个组合中的增强子启动子正对个数均衡,其中,进行互补组合时,以排序的两端同时向中间靠近的方式,每次选择两端的染色体对作为一个组合,中间如有单的染色体对自成一个组合; S13、以一个染色体对组合作为一个子集,构建多个子集; S2、对步骤S1中获得的所有子集进行预处理,基于每个增强子启动子对获得每个数据样本的特征向量,其中,每个子集均包含多个数据样本,每个数据样本为一个增强子启动子对,每个数据样本的特征向量为对应增强子启动子对的序列特征、该增强子启动子对之间的距离特征、该增强子启动子对对应的染色质开放性特征拼接形成的特征向量,每个数据样本的标签为对应增强子启动子对之间是否有相互作用; S3、基于预处理后的所有子集采用类别型特征梯度提升的方式,以数据样本的特征向量为输入、样本对应的增强子启动子对是否有相互作用为输出迭代构建多棵对称决策树组成预测模型,其中,每次迭代时,以任意一个子集作为验证集、其他子集作为训练集训练对称决策树。
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