南开大学付浩浩获国家专利权
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龙图腾网获悉南开大学申请的专利无需精确复合物结构的绝对结合自由能计算方法获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN118039001B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-11-25发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202410180566.0，技术领域涉及：G16C10/00；该发明授权无需精确复合物结构的绝对结合自由能计算方法是由付浩浩;卞恒伟;刘煦阳;邵学广;蔡文生设计研发完成，并于2024-02-18向国家知识产权局提交的专利申请。
本无需精确复合物结构的绝对结合自由能计算方法在说明书摘要公布了：本发明公开了一种无需精确复合物结构的绝对结合自由能计算方法，包括：步骤一，基于受体蛋白和配体结构，采用软件得到粗糙复合物结构，并用WangLandau模拟方法，以配体和蛋白质的分子结构体系、分子间相互作用的势能函数为主要模拟参数作为输入进行分子动力学模拟，得到复合物体系分子动力学的轨迹文件；步骤二，由所述轨迹文件数据对应的高维向量信息建立训练集、验证集和测试集，训练所述流模型找到最低自由能构像，即将训练结果中概率密度最高的结构选为最优结构；步骤三，将生成的所述最优结构作为输入文件，进行结合自由能计算。本发明提出了一种无需精确复合物结构的绝对结合自由能计算方法，解决了精确的复合物结构获得困难这一问题。
本发明授权无需精确复合物结构的绝对结合自由能计算方法在权利要求书中公布了：1.无需精确复合物结构的绝对结合自由能计算方法，其特征在于，包括： 步骤一，基于受体蛋白和配体单独结构，采用分子对接软件得到粗糙复合物结构，采用WangLandau模拟方法，以配体和蛋白质的分子结构体系、分子间相互作用的势能函数以及温度、压力作为模拟参数作为输入，进行分子动力学模拟，得到复合物体系分子动力学的轨迹文件； 步骤二，基于所述轨迹文件数据所对应的高维向量信息建立训练集、验证集和测试集，采用流模型进行密度估计，以所述轨迹文件中复合物结构的原子坐标作为所述流模型训练过程中的所述训练集，训练所述流模型找到最低自由能构像，即将所述训练过程的训练结果中概率密度最高的结构选为最优结构； 步骤三，将生成的所述最优结构作为输入文件，进行结合自由能计算。
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