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龙图腾网获悉江南大学申请的专利一种兼顾基因序列进化重排的序列搜索工具CircBLAST的应用方法获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN117174182B 。

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-11-25发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202311078324.2，技术领域涉及：G16B50/00；该发明授权一种兼顾基因序列进化重排的序列搜索工具CircBLAST的应用方法是由吴敬;王蕾;未志胜;陈晟;邓赵红;孔德民;杨卫康;刘一迪;杨海涛设计研发完成，并于2023-08-25向国家知识产权局提交的专利申请。

本一种兼顾基因序列进化重排的序列搜索工具CircBLAST的应用方法在说明书摘要公布了：本发明公开了一种兼顾基因序列进化重排的序列搜索工具CircBLAST的应用方法，属于生物信息学技术领域。方法流程包括：首先，根据需要word_size的长度切分所有的蛋白序列，结合序列的注释数据构建数据集并写入数据库；然后准备请求序列，并将其切分成word_size的一个个小片段；进一步，通过搜索匹配、构建环形序列、序列比对完成检索过程；最后生成包含匹配片段、相似度得分等信息的比对结果，用于呈现给用户查看并判断匹配的可靠性。本发明考虑了基因序列的进化重排情况，显著提高了序列比对的准确性，并且可以发现更多的重排序列。

本发明授权一种兼顾基因序列进化重排的序列搜索工具CircBLAST的应用方法在权利要求书中公布了：1.一种兼顾基因序列进化重排的序列搜索工具CircBLAST的应用方法，其特征在于，所述兼顾基因序列进化重排的序列搜索工具CircBLAST的应用方法包括以下步骤： S100、数据库构建：从蛋白质数据库中读取蛋白质序列数据，根据需求的word_size长度，对所有蛋白序列进行切分，并结合序列注释信息构建一个k-mers数据集，根据关联关系构建键值型数据表，并将所述键值型数据表写入数据库； S200、请求序列准备：将待比对的蛋白序列文件转换成符合要求的格式，随后将序列切割成长度为word_size的小片段，即seed； S300、比对过程：将请求序列与数据库中的序列进行比对，CircBLAST采用Smith-Waterman局部比对算法，在数据库中搜索与请求序列部分匹配的子序列，并完成搜索匹配、构建环形序列和序列比对三步操作，并计算匹配的相似性和统计学意义； S400、生成比对结果：CircBLAST以列表形式返回比对结果，所述比对结果包括匹配的序列片段和相似性得分，在比对结果中添加统计学意义的信息，使用户能够根据相似性得分和统计学意义来评估匹配的可靠性； 在S300中，包括以下步骤： S310、搜索匹配：CircBLAST通过mask计算隐去k-mers在每条序列里的index信息，使用这些index信息，将请求序列与数据库进行比对，找到可能的匹配序列片段，将匹配上的k-mers集称为Hit，如果有多个连续的Hit，将其称为Hits； S320、构建环形序列：记录每条序列与请求序列的Hits长度，从所有Hits中选择最长的一段子序列作为请求序列和比对序列的起点，延伸选定的起点序列和比对序列，直到达到子序列前的最后一个氨基酸残基； S330、序列比对：使用Smith-Waterman算法完成序列比对，比对的过程考虑序列的相似性、匹配长度和匹配的统计学意义； 在S330中，比对过程包括原始序列和环形序列的比对情况，并同时包含两种情况下的匹配片段和相似度得分信息。

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