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龙图腾网获悉上海药明康德新药开发有限公司申请的专利一种基于DEL平台的PROTAC分子药物设计方法获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN118711703B 。

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-11-11发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202410848295.1，技术领域涉及：G16C20/50；该发明授权一种基于DEL平台的PROTAC分子药物设计方法是由雷俊坤;韩帅;崔维仁;苏文姬;蒯乐天设计研发完成，并于2024-06-27向国家知识产权局提交的专利申请。

本一种基于DEL平台的PROTAC分子药物设计方法在说明书摘要公布了：本发明公开了一种基于DEL平台的PROTAC分子药物设计方法，包括生成双功能分子、生成PROTAC‑likeDEL双功能分子库，以及利用双功能分子介导的蛋白降解靶向嵌合体系对PROTAC‑likeDEL双功能分子库中的双功能分子进行评估。本发明基于DEL平台，通过分子生成模型和计算机辅助药物设计快速生成和评估双功能分子，加速了PROTAC‑likeDEL双功能分子库的构建，再通过对双功能分子介导的蛋白‑双功能分子三元复合物体系建模和模拟，对PROTAC‑likeDEL双功能分子库的双功能分子的结合模式进行预测，进一步优化双功能分子，使设计的双功能分子更具合理性，很大程度降低了分子的合成难度。

本发明授权一种基于DEL平台的PROTAC分子药物设计方法在权利要求书中公布了：1.一种基于DEL平台的PROTAC分子药物设计方法，其特征在于，包括如下步骤： 步骤S1、生成双功能分子：基于弹头分子和E3连接酶配体，利用分子生成模型生成多组弹头分子-连接子-E3连接酶配体的双功能分子； 步骤S2、生成PROTAC-likeDEL双功能分子库：对步骤S1生成的双功能分子进行筛选和评估，将符合规格的双功能分子加入到DEL库中，生成PROTAC-likeDEL双功能分子库，并对其进行KL散度评估； 步骤S3、利用双功能分子介导的蛋白降解靶向嵌合体系对PROTAC-likeDEL双功能分子库中的双功能分子进行评估，具体包括： 步骤S31、靶向蛋白和E3降解酶之间进行蛋白质-蛋白质对接的模拟，确定起始蛋白构象； 步骤S32、利用LeDock软件，将PROTAC-likeDEL双功能分子库中的双功能分子的弹头分子的分子砌块结合至靶向蛋白并选择合理的结合模式，E3连接酶配体的分子砌块结合至E3连接酶并选择合理的结合模式； 步骤S33、利用LeDock软件，用PROTAC-likeDEL双功能分子库中连接子的分子砌块，在无空间位阻或空间位阻最低的状态下，将已选择的合理结合模式的弹头分子-靶向蛋白结构和E3连接酶配体-E3连接酶结构进行连接形成靶向蛋白-弹头分子-连接子-E3连接酶配体-E3连接酶结构，再对弹头分子和E3连接酶配体做约束，对连接子做能量优化，筛选得到靶向蛋白-弹头分子-连接子-E3连接酶配体-E3连接酶结构，即蛋白-双功能分子构象； 步骤S34、对步骤S33中的蛋白-双功能分子构象，采用分子动力学模拟，筛选得到稳定的蛋白-双功能分子构象； 步骤S35、对步骤S34得到的稳定的蛋白-双功能分子构象，进行分子动力学轨迹分析，得到稳定且合理的蛋白-双功能分子构象； 步骤S36、对步骤S35得到的蛋白-双功能分子构象，采用分子力学泊松-波尔兹曼表面积方法计算双功能分子和蛋白的结合自由能，评估双功能分子与蛋白的结合强弱； 其中，所述弹头分子基于DEL筛选得到。

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