中国科学院生态环境研究中心张俊亚获国家专利权
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龙图腾网获悉中国科学院生态环境研究中心申请的专利一种基于16S rRNA扩增子测序的耐药组分析方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119626329B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-11-07发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202411733151.8,技术领域涉及:G16B30/00;该发明授权一种基于16S rRNA扩增子测序的耐药组分析方法是由张俊亚;陈敏;魏源送设计研发完成,并于2024-11-29向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种基于16S rRNA扩增子测序的耐药组分析方法在说明书摘要公布了:本发明属于生物信息学分析领域,涉及基于16SrRNA扩增子测序结果预测样本中细菌群落的耐药基因组成和丰度以及耐药率的分析方法。本发明的方法大幅拓展了基于16SrRNA扩增子测序的应用范围,为环境中耐药基因传播的研究提供了一种简便易行且成本低的数据再挖掘方法。
本发明授权一种基于16S rRNA扩增子测序的耐药组分析方法在权利要求书中公布了:1.基于16SrRNA扩增子测序序列预测样本中细菌群落的耐药基因组成和丰度的分析方法,其特征在于,包括以下步骤: 1将样品中所有细菌进行16SrRNA扩增子测序,获得样品中所有细菌的16SrRNA序列; 2获取样品中所包含的细菌的种类和丰度,其包括利用PICRUSt2软件分析16SrRNA序列,输出样本中所包含的ASV编号的细菌的种类及其丰度; 3获取各种细菌中所包含的耐药基因及其丰度,其包括利用PICRUSt2软件分析16SrRNA序列,输出各种ASV编号的细菌中所包含的功能基因及其数量,通过耐药基因列表筛选并保留各种ASV编号的细菌中所包含的耐药基因及其数量; 4基于步骤2和3获得的ASV编号的细菌的种类及其丰度和各种ASV编号的细菌中所包含的耐药基因及其数量,通过计算获得样本中的耐药基因的种类和其丰度; 所述步骤4中所述的计算为:分别将步骤2中获得的ASV编号的细菌的丰度与步骤3中获得的该ASV编号的细菌所包含的耐药基因的数量相乘,获得样本中该ASV编号的细菌所包含的该耐药基因的丰度;并将样本中所有ASV编号的细菌所包含的该耐药基因的丰度相加求和,得到样本中的该耐药基因的丰度,用同样方法进一步获得样本中的所有耐药基因的丰度。
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