青岛百创智能制造技术有限公司郑洪坤获国家专利权
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龙图腾网获悉青岛百创智能制造技术有限公司申请的专利一种提高微球矩阵空间转录组捕获面积的方法及其应用获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119144700B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-11-07发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202411639239.3,技术领域涉及:C12Q1/6806;该发明授权一种提高微球矩阵空间转录组捕获面积的方法及其应用是由郑洪坤;刘敏;张梦龙设计研发完成,并于2024-11-18向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种提高微球矩阵空间转录组捕获面积的方法及其应用在说明书摘要公布了:本发明涉及一种提高微球矩阵空间转录组捕获面积的方法及其应用。所述方法包括:进行组织透化处理,使用微球矩阵捕获芯片进行捕获,随后进行反转录和cDNA一链合成、cDNA二链合成,将微球矩阵捕获芯片进行分区,对每个区域解链以及cDNA扩增,对扩增产物进行纯化。本发明设计提高微球矩阵空间转录组捕获面积的方法,将芯片进行破碎分区或者使用杂交垫片设置分区进行检测,操作简单易行,并不需要直接提高条形码的种类,减少了扩大微球池时,合成微球引物的数量以及解码探针的种类,有效节省成本,另外也无需更多的解码轮次即可实现微球芯片的解码,能减少解码过程对捕获芯片的损伤,有效提高了大尺寸空间转录组芯片捕获的效率。
本发明授权一种提高微球矩阵空间转录组捕获面积的方法及其应用在权利要求书中公布了:1.一种空间转录组测序方法,其特征在于,所述空间转录组测序方法利用构建空间转录组测序文库的方法构建文库,对每个分区进行测序,对每个分区的数据分别进行barcode、umi识别,比对基因组及barcode位置确定;将不同分区的barcode对应的表达信息进行合并;将不同分区的barcode位置信息进行合并,对分区边缘临近部分的点位,根据不同分区识别到的barcode和umi结果确定目标barcode信息;对于不同分区中出现重复的barcode进行过滤;得到上述结果后生成空间的表达矩阵文件,进行数据分析,得到完整的空间转录组数据; 所述构建空间转录组测序文库的方法包括以下步骤: 1组织贴片、固定及染色处理; 2组织透化处理; 3反转录和cDNA一链合成; 4cDNA二链合成; 5cDNA分区解链及PCR扩增; 6cDNA纯化; 步骤1包括:将组织切片贴在微球矩阵捕获芯片上进行固定及染色处理,其中所述微球矩阵捕获芯片带有mRNA捕获探针; 步骤2包括:将步骤1所得芯片放入所述组织透化液中于30~40℃孵育2~30min,去除组织透化液并向微球矩阵捕获芯片的孔内加入0.1×~5×SSC溶液; 步骤3包括:去除微球矩阵捕获芯片孔内的SSC溶液,将反转录和cDNA一链合成的试剂加入孔内,于37~65℃孵育0.5~2h; 步骤4包括:去除微球矩阵捕获芯片孔内的反转录和cDNA一链合成的试剂,加入KOH溶液进行解链变性后,用EB缓冲液进行洗涤,然后加入cDNA二链合成的试剂,于45~70℃孵育10~40min; 步骤5包括:去除微球矩阵捕获芯片孔内的cDNA二链合成的试剂,加入EB缓冲液进行洗涤,将微球矩阵捕获芯片分区后再加入KOH,于20~30℃孵育2~10min,用0.1~1MTris中和KOH,对每个区域分别加入cDNA扩增试剂进行PCR扩增; 所述PCR扩增的程序为: 95~98℃、20~40s; 95~98℃、15~30s,62~68℃、15~30s,60~70℃、4~8min,10~20个循环; 60~70℃、4~6min; 步骤6包括:将步骤5扩增产物用磁珠进行纯化,然后用乙醇洗涤磁珠,再用EB缓冲液将扩增产物从磁珠上洗脱下来; 所述分区的方法包括芯片破碎分区法或杂交垫片分区法; 所述芯片破碎分区法包括将微球矩阵捕获芯片破碎为多个分区; 所述杂交垫片分区法包括使用杂交垫片对微球矩阵捕获芯片进行分区; 所述微球矩阵捕获芯片的面积为0.25cm2~225cm2; 所述分区设置的区域个数为2~225个; 所述组织透化处理的组织透化液含有胃蛋白酶、TritonX-100或HCl中至少一种;所述组织透化液中胃蛋白酶质量百分比为0.01%~1%;所述组织透化液中TritonX-100的浓度为0.1~2mM;所述组织透化液中HCl的浓度为0.1~1M; 所述反转录和cDNA一链合成的试剂包括反转录缓冲液、反转录酶、dNTPs、DTT和链置换引物;其中,所述反转录缓冲液含有100~500mMTris-HCl、200~500mMKCl、10~30mMMgCl2和10~100mMDTT; 所述cDNA二链合成的试剂包括二链合成缓冲液、dNTPs、DNA聚合酶和二链反应引物;其中,所述二链合成缓冲液含有100~300mMTris-HCl,50~200mMNH42SO4,100~1000mMKCl,10~50mMMgSO4和0.5%~5%Tween-20,pH为7~9。
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