杭州链康医学检验实验室有限公司葛长利获国家专利权
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龙图腾网获悉杭州链康医学检验实验室有限公司申请的专利一种构建多物种细胞-整合基因表达谱的方法、系统、设备和介质获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN117912551B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-11-07发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202410051457.9,技术领域涉及:G16B20/30;该发明授权一种构建多物种细胞-整合基因表达谱的方法、系统、设备和介质是由葛长利;韩斐然;郎秋蕾设计研发完成,并于2023-01-07向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种构建多物种细胞-整合基因表达谱的方法、系统、设备和介质在说明书摘要公布了:本发明公开了一种构建多物种细胞‑整合基因表达谱的方法、系统、设备和介质,属于生物信息学技术领域。所述方法包括:将PDX模型的单细胞转录组测序数据与混合基因组库进行比对,获得细胞‑基因表达谱矩阵;根据人或小鼠基因的比例识别细胞为人细胞、小鼠细胞或双细胞;将所述单细胞转录组测序数据与人和小鼠同源基因的整合基因序列集进行比对,获得与整合基因的比对结果;再基于识别的人细胞和小鼠细胞barcode,从得到的比对结果中获得细胞‑整合基因表达谱,进一步通过细胞聚类分析,可获知人和小鼠细胞的相互作用机制。
本发明授权一种构建多物种细胞-整合基因表达谱的方法、系统、设备和介质在权利要求书中公布了:1.一种基于PDX的单细胞转录组数据构建细胞-整合基因表达谱的方法,其特征在于,包括以下步骤: S1,将获得的PDX模型的单细胞转录组测序数据与人和小鼠的混合基因组库进行比对,获得基于所述混合基因组库的细胞-基因表达谱矩阵,其中,所述混合基因组库是将人和小鼠的参考基因组文件和基因注释文件进行合并得到的; S2,根据细胞中表达人基因的比例或表达小鼠基因的比例是否大于等于第一预设阈值P1,识别细胞为人细胞、小鼠细胞或双细胞; S3,将所述单细胞转录组测序数据与人和小鼠同源基因的整合基因序列集进行比对,获得与整合基因的比对结果; S4,基于步骤S2识别的人细胞和小鼠细胞barcode,从步骤S3得到的比对结果中获得细胞-整合基因表达谱, 其中,所述同源基因的整合基因序列集基于以下步骤得到: 1将人和小鼠的每个同源基因的序列进行拼接,得到每个同源基因的整合基因序列;人和小鼠的基因序列之间利用60~100个N碱基填充; 根据整合基因序列,构建对应的注释文件:将同源基因作为一条独立的染色体,来自人和小鼠的同源基因序列作为2个转录本, 其中,P1的设置使得双细胞率与多细胞率的一半相差不超过5%,由下面公式计算双细胞率和多细胞率: 双细胞率=双细胞数目人细胞数目+小鼠细胞数目+双细胞数目×100%; 多细胞率=捕获的细胞数目×7.589×10-6+5.272×10-4×100%。
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