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复旦大学;上海中医药大学史际帆获国家专利权

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龙图腾网获悉复旦大学;上海中医药大学申请的专利一种基于互信息的单样本基因调控网络构建方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119541646B

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-10-17发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202411593970.7,技术领域涉及:G16B35/00;该发明授权一种基于互信息的单样本基因调控网络构建方法是由史际帆;赵娟;艾凇玮;邹文葵;柳家振;孙毅;杨伟;林伟设计研发完成,并于2024-11-08向国家知识产权局提交的专利申请。

一种基于互信息的单样本基因调控网络构建方法在说明书摘要公布了:本发明属于系统生物学领域,具体为一种基于互信息的单样本基因调控网络构建方法。本发明的方法包括:指定研究对象的背景群体和前景群体;基于互信息方法计算背景群体和前景群体的单样本基因调控网络;利用随机置换检验进行网络边的显著性检验。本发明与现有的技术相比,能够基于非线性关系识别生物学的基因调控网络,更加符合实际的生物学特征。能够特异的构建出每一个样本的基因调控网络,并且根据所选取的背景群体的不同,能够进行多样化的数据分析。

本发明授权一种基于互信息的单样本基因调控网络构建方法在权利要求书中公布了:1.一种基于互信息的单样本基因调控网络构建方法,其特征在于,具体步骤为: S1:首先对基因表达数据进行预处理,剔除掉基因表达量较低的基因和样本;随后,对基因表达数据进行均匀离散化; S2:根据生物学意义,先指定一部分样本为背景样本,设有N1个,剩余样本为前景样本,设有N2个;通过计算前景样本对背景样本的扰动,得到初始差异网络; S3:分别计算背景样本和添加了扰动样本的互信息相关性网络;其中,样本中任意两个基因X=x1,x2,x3,...,xn和基因Y=y1,y2,y3,...,yn之间计算互信息相关性网络的公式如下: 其中,n表示样本的个数,px,py分别表示X,Y的边缘概率,px,y表示X,Y的联合概率; S4:对互信息网络进行标准化,获得标准化之后的样本相关性网络,标准化计算式如下: 其中,分别表示变量X,Y的信息熵;将背景样本计算的互信息网络表示为在背景样本中增加一个前景样本jj=1,2,...,N2得到的互信息网络表示为 S5:通过计算扰动网络和背景网络之间的差异,识别出由扰动样本引起的网络变化,其计算公式如下: 其中,j表示其中的第j个待计算的前景样本; S6:针对背景样本个体网络的计算,采用近似的方式,其中,每次将背景群体中移除单个样本i,i=1,2,...,N1,计算移除单个样本之后对于整体网络的扰动变化;其计算公式如下: 其中,i表示其中的第i个待计算的背景样本; S7:采用随机置换检验的方法对网络的边进行显著性检验,获取网络的边的显著性值;通过随机打乱基因分布的方式对随机网络进行构建,具体方法为,保持样本的顺序不变,分别随机打乱每一个基因的表达水平,在保持其基因分布不变的情况下,构建出新的随机网络; S8:按照上述同样的方法,计算随机网络的差异网络;并采用随机置换检验的方法,对计算出的真实的网络的边进行置换检验。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术,可联系本专利的申请人或专利权人复旦大学;上海中医药大学,其通讯地址为:200433 上海市杨浦区邯郸路220号;或者联系龙图腾网官方客服,联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

以上内容由龙图腾AI智能生成。

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