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赣南医科大学洪贵妮获国家专利权

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龙图腾网获悉赣南医科大学申请的专利一种黑色素瘤抗PD-1免疫治疗反应预测基因对的建立和验证方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119560003B

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-09-26发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202411681846.6,技术领域涉及:G16B15/00;该发明授权一种黑色素瘤抗PD-1免疫治疗反应预测基因对的建立和验证方法是由洪贵妮;李红东;高亚茹设计研发完成,并于2024-11-22向国家知识产权局提交的专利申请。

一种黑色素瘤抗PD-1免疫治疗反应预测基因对的建立和验证方法在说明书摘要公布了:本发明公开了一种黑色素瘤抗PD‑1免疫治疗反应预测基因对的建立和验证方法。选定黑色素瘤抗PD‑1免疫治疗数据集作为训练集,采用基于样本内基因相对表达秩次关系的方法形成基因对矩阵,筛选候选预测基因对。基于候选预测基因对,采用贪婪算法来寻找具有最大样本覆盖率的基因对组合,筛选预测效能最好的基因对组合作为预测基因对。针对一个待预测样本,计算预测基因对组合中geneageneb的基因对数。根据投票规则,若geneageneb的基因对数过半,则可将待预测样本分类为有响应的样本,反之为无响应的样本。并在其他不同平台的样本验证集中得到验证。

本发明授权一种黑色素瘤抗PD-1免疫治疗反应预测基因对的建立和验证方法在权利要求书中公布了:1.一种黑色素瘤抗PD-1免疫治疗反应预测基因对的建立方法,其特征在于:包括以下步骤: 步骤A:从基因表达综合数据库和癌症基因组图谱中获取黑色素瘤患者和黑色素瘤抗PD-1免疫治疗患者的表达谱数据和临床信息,对所述表达谱数据和临床信息进行预处理; 将来自不同检测平台的黑色素瘤表达谱数据集分为两个数据子集,一个黑色素瘤抗PD-1免疫治疗数据集作为训练集,另一个数据子集作为验证集; 步骤A中所述的从基因表达综合数据库和癌症基因组图谱中获取黑色素瘤患者和黑色素瘤抗PD-1免疫治疗患者的表达谱数据和临床信息,对所述表达谱数据和临床信息进行预处理,具体包括以下步骤: 步骤A1:从GEO数据库下载表达谱数据,利用平台注释文件将探针ID对应到基因ID上; 步骤A2:研究表明,在黑色素瘤抗PD-1免疫治疗的过程中,疾病稳定状态的SD样本后续疗效并不稳定,在后续治疗中会发展为PD样本或者PRCR样本,因此在训练集中去除SD样本; 步骤A3:去除低表达基因,所述低表达基因是超过70%的样本基因表达缺失或为0的基因; 步骤B:将训练集内基因进行两两组合,比较疾病进展PD样本和部分或完全响应PRCR中基因对的相对表达秩次关系的差异,筛选基因间相对表达秩次关系显著逆转的基因对,确定具有潜在预测黑色素瘤抗PD-1免疫治疗反应能力的候选预测基因对; 步骤C:采用贪婪算法来寻找具有最大样本覆盖率的基因对组合; 从候选预测基因对中的每个基因对开始,将其作为种子,依次将剩余基因对添加到当前组合;在每次添加后,都计算新组合的样本覆盖率;该过程持续进行直到无法再通过添加候选基因对来增加样本覆盖率为止;最终得到的组合即为基于候选预测基因对识别出的具有最大样本覆盖率的特征基因对组合; 计算每个特征基因对在所有组合中出现的频数,频数高低反映该特征基因对的重要性;筛选最优的预测基因对为最终的预测基因对; 针对一个待预测样本,计算预测基因对组合中geneageneb的基因对数;根据投票规则,若geneageneb的基因对数过半,则将待预测样本分类为有响应的样本R,反之为无响应的样本NR;再利用所述验证集对所述预测基因对进行验证,将得到的预测基因对作为预测黑色素瘤抗PD-1免疫治疗反应的标志物。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术,可联系本专利的申请人或专利权人赣南医科大学,其通讯地址为:341000 江西省赣州市蓉江新区高校园区赣南医科大学医学院路1号;或者联系龙图腾网官方客服,联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

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