东南大学赵祥伟获国家专利权
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龙图腾网获悉东南大学申请的专利一种基于均分组合编码微球的空间转录组测序文库构建方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN115058492B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-09-19发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202210798000.5,技术领域涉及:C12Q1/6806;该发明授权一种基于均分组合编码微球的空间转录组测序文库构建方法是由赵祥伟;赵越;葛芹玉;叶凯强;党开同设计研发完成,并于2022-07-07向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种基于均分组合编码微球的空间转录组测序文库构建方法在说明书摘要公布了:本发明公开了一种基于均分组合编码微球的空间转录组测序文库构建方法,包括如下步骤:基于均分组合理念的DNA编码微球的设计与制备;基于SCDB微球的转录组测序文库构建SCDB‑seq的设计;基于SCDB‑seq的空间转录组测序的设计与实现。本方法可以以单细胞分辨率~10μm对新鲜冰冻样本切片和福尔马林固定石蜡包埋样本切片上的微区进行可选择性的、高多路复用性的中通量50~1000样本空间转录组测序文库构建,能够可以选择性地获得组织切片中多个特定微区样本的基因表达谱;本方法实验操作量和试剂成本仅为已有同类方法的~1%和~13%,展现出良好的人力和试剂成本控制。
本发明授权一种基于均分组合编码微球的空间转录组测序文库构建方法在权利要求书中公布了:1.一种基于均分组合编码微球的空间转录组测序文库构建方法,其特征在于:包括如下步骤: (1)SCDB微球的设计与制备:使用两段具有特定序列设计的引物:引物1-N,其中1≤N≤8,引物2-M,其中1≤M≤12,采用均分组合制备方法在微球表面进行DNA条码引物制备,将一定量的编码微球均分为8份分别放入离心管并命名为1-N,向离心管中加入对应引物1-N进行第一轮编码,随后将8支离心管中的微球按照特定顺序,即离心管1-1~1-8对应96孔PCR板上的A~H排,均分至一块96孔PCR板中加入对应引物2-M进行第二轮编码,最终生成96种具有独特DNA条码组合的编码微球,使用1-乙基-3-二甲基氨基丙基碳二亚胺盐酸盐将微球表面的羧基基团转换成可与氨基反应的O-酰基异脲中间体,该中间体能够迅速与5’端修饰有氨基基团的引物1-N形成酰胺键,将引物1-N共价固定在微球表面,引物2-M的3’末端可与引物1-N的3’末端产生反向互补,随后在等温扩增DNA聚合酶的作用下将引物2-M中的序列反向互补延伸到引物1-N的3’末端,从而完成微球表面编码引物的制备; (2)SCDB-seq的设计与使用:使用SCDB微球对样本中的mRNA进行捕获,对捕获到的mRNA分子进行逆转录,通过PCR扩增构建满足第二代测序的cDNA文库,使用纯化磁珠富集目标cDNA片段; (3)基于SCDB-seq的空间转录组测序的设计与实现:应用于新鲜冰冻组织切片的实验方案在mRNA捕获环节增加了0.5%浓度的TritonX-100以透化细胞膜,使mRNA得以从细胞中充分释放且被SCDB微球捕获;应用于FFPE组织切片的实验方案除增加0.5%浓度的TritonX-100外,由于FFPE组织切片内的mRNA已存在一定程度的降解,故取消了用于使mRNA发生片段化的Mg2+热处理环节,且在mRNA释放及捕获环节添加0.125μgμL浓度的蛋白酶K并在60℃下进行1h的孵育,充分去除FFPE组织中存在的分子间交联,释放出mRNA分子。
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