公安部第一研究所郭甜利获国家专利权
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龙图腾网获悉公安部第一研究所申请的专利一种利用SLSQP分析二混DNA的混合比例方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119832990B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-09-16发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202411876840.4,技术领域涉及:G16B40/00;该发明授权一种利用SLSQP分析二混DNA的混合比例方法是由郭甜利;管桦;荣海博;卢芮;张涛;王宇光;陈力设计研发完成,并于2024-12-19向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种利用SLSQP分析二混DNA的混合比例方法在说明书摘要公布了:本发明公开了一种利用SLSQP分析二混DNA的混合比例方法,包括:数据准备、数据预处理、基因型组合生成、混合后的基因型频率、定义目标函数和优化过程。本发明通过引入最小化目标函数的优化方法,可以在多基因型、多供体的复杂情况下精确估算每个供体的比例,而不需要依赖人工判读或传统的比对方法。另外,本发明通过创建所有可能的基因型组合并筛选符合条件的组合,确保了计算的高效性,并减少了无效组合对分析结果的影响。本发明不仅适用于简单的二等位基因样本,还能够有效处理包含多个等位基因的复杂样本,适用范围更广。本发明通过自动化计算和优化,避免了传统方法中人工操作可能带来的误差,提高了结果的可重复性和可信度。
本发明授权一种利用SLSQP分析二混DNA的混合比例方法在权利要求书中公布了:1.一种利用SLSQP分析二混DNA的混合比例方法,其特征在于,包括如下步骤: S1、数据准备: 在获得混合DNA样本后,首先进行PCR扩增以放大目标基因区域或遗传标记,确保得到足够的DNA片段进行分析;扩增后的PCR产物通过遗传分析仪进行分离,通过电泳分辨不同大小的DNA片段并检测其荧光标记,从而获得DNA片段大小和荧光强度信息,基于DNA片段大小和荧光强度信息进一步生成图谱并进行基因型分析,得到每个位点的等位基因和峰高信息; S2、数据预处理: 首先,读取CSV文件中的数据,并为每行数据提取其所有的等位基因及其对应的观察峰高;然后,将每个位点中的每个等位基因的观察峰高标准化为相对峰高; S3、基因型组合生成: 对于每个位点,从两个个体的所有可能的基因型组合中挑选出包含相应位点所有等位基因的基因型组合作为相应位点的有效基因型组合; S4、计算每个有效基因型组合中每个个体的等位基因频率: 对于每个位点上的每个有效基因型组合,计算每个个体的等位基因频率矩阵,个体的等位基因频率矩阵中包含相应位点上所有等位基因在该个体的基因型中出现的频率; S5、定义目标函数: 对于每个位点的每个有效基因型组合,目标函数objective接收两个个体的混合比例mix1和mix2以及两个个体的等位基因频率矩阵,计算得到各个有效基因型组合的混合后等位基因峰高,并返回各个有效基因型组合的混合后等位基因峰高与步骤S2中根据观察峰高计算得到的相对峰高之间的误差值; 在一个有效基因型组合中,设供者1的混合比例为mix1,其等位基因频率矩阵为W,供者2的混合比例为mix2,其等位基因频率矩阵为M,则在该有效基因型组合中,供者1和供者2的混合后等位基因峰高矩阵为: S=mix1×W+mix2×M 混合后等位基因峰高矩阵S的每个元素分别为相应位点的每个等位基因在相应有效基因型组合中的混合后等位基因峰高; S6、优化过程: 对于每个位点,分别使用最小化优化函数,基于初始的混合比例猜测和约束条件,对目标函数进行优化,返回每个位点的最优的混合比例best_mix; S7、输出结果分析: 对于每个位点,对步骤S6所得到的优化结果按照对应的目标函数值从小到大排列,选出最优的基因型组合及其混合比例。
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