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龙图腾网获悉上海快序生物科技有限公司申请的专利一种判断细胞中肿瘤新抗原肽段质谱鉴定可靠性的方法及其应用获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN120412757B 。

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-09-16发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202510897732.3，技术领域涉及：G16B40/10；该发明授权一种判断细胞中肿瘤新抗原肽段质谱鉴定可靠性的方法及其应用是由朱明;闵恬;沈剑桥;马斌设计研发完成，并于2025-07-01向国家知识产权局提交的专利申请。

本一种判断细胞中肿瘤新抗原肽段质谱鉴定可靠性的方法及其应用在说明书摘要公布了：本发明提供了一种判断细胞中肿瘤新抗原肽段质谱鉴定可靠性的方法及其应用，所述方法包括：基于肿瘤新抗原质谱鉴定实验的历史数据构建模型，基于所述模型对阳性组和阴性组进行打分，基于打分值计算阳性组和阴性组的分界阈值；利用训练好的模型对待测样品进行打分，将打分值与分界阈值进行比较，进而判断待测细胞样品进行肿瘤新抗原肽段质谱鉴定实验的可靠性。

本发明授权一种判断细胞中肿瘤新抗原肽段质谱鉴定可靠性的方法及其应用在权利要求书中公布了：1.一种判断细胞中肿瘤新抗原肽段质谱鉴定可靠性的方法，其特征在于，所述方法包括： 获取历史数据，获取基于质谱实验检测的细胞中MHCI蛋白和目标蛋白的表达量统计结果，以及对应细胞的肿瘤新抗原肽段质谱鉴定结果；将历史数据以肿瘤新抗原质谱鉴定实验是否能鉴定到来自于目标蛋白的肽段为标准，分为阳性组和阴性组；所述MHCI蛋白和目标蛋白的表达量统计结果的计算方法包括：通过质谱数据分析软件搜库，得到MHCI蛋白和目标蛋白对应的二级谱图数量、覆盖率和置信度分数；将搜库得到的其他蛋白按照对应的二级谱图数量进行排序并取前10%，计算其对应的二级谱图数量、覆盖率和置信度分数的平均值，用上述平均值归一化不同细胞样品间MHCI蛋白和目标蛋白的二级谱图数量、覆盖率和置信度分数，并将归一化后的值作为表达量统计结果； 所述归一化的计算公式如下所示： ； 式中，为MHCI蛋白和目标蛋白的二级谱图数量、覆盖率和置信度分数；为MHCI蛋白和目标蛋白之外的，二级谱图数量排在前10%的其他蛋白的二级谱图数量、覆盖率和置信度分数的平均值；为归一化后的MHCI蛋白和目标蛋白的二级谱图数量、覆盖率和置信度分数； 构建模型，将阳性组和阴性组的历史数据作为训练集，训练集中的特征向量为质谱实验中鉴定到的MHCI蛋白和目标蛋白的表达量统计结果；使用随机梯度下降分类器构建模型，损失函数为对数损失函数，采用十折交叉验证和L1正则化来避免过拟合；基于所述模型对阳性组和阴性组进行打分，基于打分值计算阳性组和阴性组的分界阈值；所述分界阈值的计算方法为：在训练集上所有可能的取值中，通过不断调整阈值，计算不同阈值下样本的真阳性率和假阳性率，以真阳性率减去假阳性率的差值最大时的阈值为分界阈值； 可靠性预测，利用训练好的模型对待测样品进行打分，所述对待测样品进行打分的步骤包括：基于质谱实验检测待测样品细胞中MHCI蛋白和目标蛋白的表达量统计结果，所述表达量统计结果包括：二级谱图数量、覆盖率和置信度分数，将表达量统计结果输入模型中进行计算打分；将打分值与分界阈值进行比较，判断待测细胞样品进行肿瘤新抗原肽段质谱鉴定实验的可靠性。

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