天津诺禾致源生物信息科技有限公司黄万龙获国家专利权
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龙图腾网获悉天津诺禾致源生物信息科技有限公司申请的专利鉴定受体昆虫基因组来源于细菌基因组水平转移序列的方法和装置获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN117095751B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-09-12发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202311133755.4,技术领域涉及:G16B30/10;该发明授权鉴定受体昆虫基因组来源于细菌基因组水平转移序列的方法和装置是由黄万龙;田仕林;王强辉;李玉洁;李萍设计研发完成,并于2023-09-04向国家知识产权局提交的专利申请。
本鉴定受体昆虫基因组来源于细菌基因组水平转移序列的方法和装置在说明书摘要公布了:本发明提供了一种鉴定受体昆虫基因组来源于细菌基因组水平转移序列的方法和装置,涉及生物技术领域。本发明提供的鉴定受体昆虫基因组来源于细菌基因组水平转移序列的方法,更加全面、准确地在全基因组水平上鉴定分析某类细菌水平转移到此物种基因组上的片段;基于水平转移序列片段,进一步鉴定水平转移基因、基因片段及非编码区域片段。为某真核生物与某类细菌基因组间水平基因转移提供全面的解析,为进一步研究水平转移基因片段对于真核生物作用提供坚实、全面、可靠的基础。
本发明授权鉴定受体昆虫基因组来源于细菌基因组水平转移序列的方法和装置在权利要求书中公布了:1.一种鉴定受体昆虫基因组来源于细菌基因组水平转移序列的方法,其特征在于,包括以下步骤: a.采用全基因组比对软件lastz进行昆虫基因组和细菌基因组比对,提取与细菌基因组相匹配的序列; b.采用比对软件将a步骤获得的序列与NT数据库进行比对,根据比对结果将序列分类为受体昆虫组、其他后生动物组和非后生动物外群组;所述受体昆虫组涵盖后生动物分类下两侧对称动物分类下节肢动物门分类下昆虫纲分类下物种;所述其他后生动物组涵盖除了昆虫纲分类下物种外的其他后生动物物种; c.根据公式HTI=bestObestB-bestGbestB,计算每一条序列的HTI值;其中,bestB为序列对应受体昆虫组的最佳比对的比对评分;bestG为序列对应其他后生动物组的最佳比对的比对评分;bestO为序列对应非后生动物外群组的最佳比对的比对评分; d.根据公式outO_pct=序列对应到非后生动物外群组的支持序列数序列对应到NT数据库的支持序列数,计算每一条序列的outO_pct值;根据公式outWol_pct=序列对应到细菌基因组的支持序列数序列对应到非后生动物外群组的支持序列数,计算每一条序列的outWol_pct值; e.基于阈值HTI0且outO_pct≥0.6且outWol_pct0,筛选获得昆虫基因组来源于细菌基因组的水平转移序列; f.提取e步骤获得的水平转移序列中的基因序列或者基因片段序列,剩余片段为昆虫基因组来源于细菌基因组水平转移非基因区域序列; g.将f步骤获得的基因序列或者基因片段序列重复进行b步骤~e步骤,进一步验证筛选获得昆虫基因组来源于细菌基因组水平转移基因或基因片段; a步骤中,提取与细菌基因组相匹配的序列之前还包括:基于a步骤的比对结果,利用UCSC数据库chainNet软件工具构建昆虫基因组和细菌基因组比对区块,获得maf文件,然后从maf文件中提取与细菌基因组相匹配的序列; g步骤之后还包括:根据细菌基因组基因注释信息,获得昆虫基因组来源于细菌基因组水平转移基因及基因片段的功能注释信息。
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