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中国科学院天津工业生物技术研究所袁倩倩获国家专利权

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龙图腾网获悉中国科学院天津工业生物技术研究所申请的专利基于BiGG数据库的定量异源途径设计方法及系统获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN118098400B

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-09-09发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202410250567.8,技术领域涉及:G16C20/10;该发明授权基于BiGG数据库的定量异源途径设计方法及系统是由袁倩倩;魏凡;蔡敬一;马红武;廖小平;毛雨丰;邓芮;史振坤;毛志涛设计研发完成,并于2024-03-05向国家知识产权局提交的专利申请。

基于BiGG数据库的定量异源途径设计方法及系统在说明书摘要公布了:本发明提供基于BiGG数据库的定量异源途径设计方法及系统,涉及产品合成技术领域,所述方法包括:步骤S1:使用从BiGG数据库中获取复合模型来构建高质量的跨物种代谢网络模型CSMN;步骤S2:通过CSMN模型使用FBA算法计算产物途径的最大得率Vproduct_max;步骤S3:计算合成非本源产品所需的最小异源反应数Nmin;步骤S4:计算实现最大得率Vproduct_max所需引入的最小异源反应数Nmax;步骤S5:逐步引入异源反应,得到多条优化途径;本发明通过对来源于BiGG数据库的复合模型进行质量控制,构建高质量的跨物种代谢网络模型CSMN,然后使用异源反应逐步引入算法,能够计算多条产品合成的优化途径。

本发明授权基于BiGG数据库的定量异源途径设计方法及系统在权利要求书中公布了:1.基于BiGG数据库的定量异源途径设计方法,其特征在于,包括如下步骤: 步骤S1:使用从BiGG数据库中获取复合模型来构建高质量的跨物种代谢网络模型CSMN; 步骤S2:通过CSMN模型使用FBA算法计算产物途径的最大得率Vproduct_max; 步骤S3:计算合成非本源产品所需的最小异源反应数Nmin; 步骤S4:计算实现最大得率Vproduct_max所需引入的最小异源反应数Nmax; 步骤S5:逐步引入异源反应,得到多条优化途径; 所述步骤S1包括如下子步骤: 步骤S101:对初始的复合模型进行了预处理,将代谢物的电荷和化学式信息整合到模型中,确定反应方向; 步骤S102:对反应进行罚分,包括对除了交换和运输反应外的电荷和质量不守恒的反应罚三分; 对没有注释信息的反应罚一分; 对出现在少于10个GEMs中的反应罚一分; 步骤S103:进行pFBA计算,对于不同类型的错误设置相应的目标函数和阈值; 如果未满足阈值,则关闭pFBA结果中得分最高的反应,进行迭代pFBA计算,直到满足约束,生成不含相应错误的ModelR;并将所有关闭的反应添加到集合setclosed中; 步骤S104:逐个将setclosed中的反应添加回ModelR,并重复步骤S103中的pFBA计算; 若添加反应后的结果满足了阈值,将反应返回到ModelR; 若添加反应后的结果未满足上述阈值,则判断导致错误的反应是否为电荷和质量不守恒; 若是,就将其删除;若不是,就将其方向进行修正。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术,可联系本专利的申请人或专利权人中国科学院天津工业生物技术研究所,其通讯地址为:300308 天津市滨海新区空港经济区西七道32号;或者联系龙图腾网官方客服,联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

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