北京师范大学珠海校区黄家权获国家专利权
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龙图腾网获悉北京师范大学珠海校区申请的专利一种ALF抗菌肽优化方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN115472240B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-09-02发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202211113727.1,技术领域涉及:G16C20/50;该发明授权一种ALF抗菌肽优化方法是由黄家权;张鹤千;秦志伟;王毅涵;黄彭弢设计研发完成,并于2022-09-14向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种ALF抗菌肽优化方法在说明书摘要公布了:本发明提供了一种基于机器学习的ALF抗菌肽优化方法,涉及抗菌肽改造技术领域,解决了现有技术中对于抗菌肽氨基酸序列的无指导性改造和改造效果差的技术问题。方法包括:通过数据收集模块收集已发表氨基酸序列及其对大肠杆菌最小抑菌浓度MIC;通过特征构建模块利用偏最小二乘法等构建待优化及预设序列的位点替换适应度矩阵1,利用概率分布获取预设序列正电荷间隔分布频率矩阵2,利用模糊聚类等方法获取预设序列的理化性质与MIC的相关性;通过预测模型模块整合矩阵1和2构建氨基酸位点替换适应度矩阵3,最后通过数值分值系统评估优化序列的抗菌活性;通过迭代验证模块利用抗菌验证反馈和遗传算法结合的迭代方式完成最终模型构建。
本发明授权一种ALF抗菌肽优化方法在权利要求书中公布了:1.一种ALF抗菌肽优化方法,其特征在于,应用于ALF抗菌肽优化算法模型;所述方法包括: 获取预设ALF抗菌肽信息以及待优化ALF抗菌肽信息;其中,所述预设ALF抗菌肽信息包括预设ALF抗菌肽的预设LBD序列、所述预设LBD序列对应的预设抗菌指标和预设理化性质数据;所述待优化ALF抗菌肽信息包括待优化ALF抗菌肽的待优化LBD序列; 对所述预设LBD序列和所述待优化LBD序列进行多序列比对,基于对比结果生成位置频率矩阵;通过偏最小二乘回归算法和梯度提升决策树算法对所述待优化ALF抗菌肽信息、所述位置频率矩阵以及抗菌指标结果进行多元线性回归构建和回归树构建,确定每个序列位点对于抗菌指标结果的第一贡献值,得到氨基酸替换矩阵;对目标预设LBD序列中正电荷氨基酸的间隔分布频率进行计算,得到间隔分布频率矩阵;对所述氨基酸替换矩阵中的第一贡献值和所述间隔分布频率矩阵中的赖氨酸替换贡献值进行蒙特卡罗模拟,确定赖氨酸位点对于抗菌指标结果的第二贡献值;将所述赖氨酸位点的第一贡献值替换为所述第二贡献值,得到第一适应度矩阵,并通过所述第一适应度矩阵得到第一候选LBD序列集合;其中,所述第一候选LBD序列集合包括每条所述候选LBD序列附带产生次数信息和候选理化性质信息; 对目标预设LBD序列对应的目标理化性质数据和目标抗菌指标进行皮尔森相关系数计算和模糊聚类分析,获取高抗菌活性序列聚类的理化性质范围,并据此范围由所述第一候选LBD序列集合生成第二候选LBD序列集合;其中,所述目标预设LBD序列为所述预设LBD序列中抗菌指标符合第一预设标准的LBD序列; 计算所述第二候选LBD序列集合中每条所述候选LBD序列的候选理化性质与所述目标理化性质之间的多维欧式距离数值,并基于所述多维欧式距离数值以及每条所述候选LBD序列的产生次数对第二候选LBD序列集合中每条所述候选LBD序列的抗菌活性进行评估,将评估结果符合第二预设标准的候选LBD序列作为第一优化LBD序列,得到第一优化LBD序列集合; 基于所述第一优化LBD序列以及子代序列对所述第一适应度矩阵进行更新,得到第二适应度矩阵,并通过所述第二适应度矩阵对所述第一优化LBD序列集合进行优化处理,得到第二优化LBD序列集合;其中,所述子代序列由所述第一优化LBD序列通过遗传算法计算生成。
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