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中国人民解放军国防科技大学崔英博获国家专利权

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龙图腾网获悉中国人民解放军国防科技大学申请的专利逆向加权的序列比对种子生成方法、装置、设备和存储器获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN115719618B

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-08-22发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202211422257.7,技术领域涉及:G16B30/10;该发明授权逆向加权的序列比对种子生成方法、装置、设备和存储器是由崔英博;张昂;李发;唐滔;彭林;郭宇飞;彭晨晨;夏泽宇;郭逸飞设计研发完成,并于2022-11-14向国家知识产权局提交的专利申请。

逆向加权的序列比对种子生成方法、装置、设备和存储器在说明书摘要公布了:本申请涉及计算机技术领域的一种逆向加权的序列比对种子生成方法、装置、设备和存储器。该方法包括:将读取的参考序列分割为N个窗口,为每个窗口生成连续重叠的k‑mer;统计所有窗口中的每条k‑mer的出现次数,计算每条k‑mer的出现频率;根据每条k‑mer的出现频率,赋予每条k‑mer权重值,k‑mer的权重值随着k‑mer的出现频率的增大而减小;根据每条k‑mer的碱基序列信息和出现频率,采用预设哈希函数,计算每条k‑mer的哈希值;根据每个窗口中的每条k‑mer的哈希值,生成每个窗口的最小子种子。本方法实现了对基因组重复区域逆向加权种子生成,支持了精准比对算法的设计和实现。

本发明授权逆向加权的序列比对种子生成方法、装置、设备和存储器在权利要求书中公布了:1.一种逆向加权的序列比对种子生成方法,其特征在于,所述方法包括: 读取参考序列,并将所述参考序列分割为N个窗口,其中前N-1个窗口均包含w个碱基,第N个窗口碱基数量不大于w,N、w均为大于1的整数; 根据每个所述窗口,为对应窗口生成连续重叠的k-mer; 对所有窗口中的每条k-mer的出现次数进行统计,得到每条k-mer的出现次数; 根据每条k-mer的出现次数,计算每条k-mer的出现频率; 根据每条k-mer的出现频率,采用预设权重函数,计算每条k-mer的权重值;所述k-mer的权重值随着k-mer的出现频率的增大而减小; 根据每条k-mer的碱基序列信息和出现频率,采用预设哈希函数,计算每条k-mer的哈希值;所述预设哈希函数为: 其中,hki为第i条k-mer的哈希值,哈希值的取值范围为0,1开区间;ki为第i条k-mer的碱基序列信息;φfki为第i条k-mer的权重值,权重取值范围为0,1开区间;gki为不考虑权重信息的普通哈希函数,哈希值的取值范围为0,1开区间; 分别比较每个窗口中所有k-mer的哈希值,生成每个窗口的最小子种子。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术,可联系本专利的申请人或专利权人中国人民解放军国防科技大学,其通讯地址为:410073 湖南省长沙市开福区德雅路109号;或者联系龙图腾网官方客服,联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

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