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北京普译生物科技有限公司;中国科学院生物物理研究所李清文获国家专利权

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龙图腾网获悉北京普译生物科技有限公司;中国科学院生物物理研究所申请的专利一种基于Transformer架构用于纳米孔测序的碱基识别方法、装置及存储介质获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN118038972B

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-07-18发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202311838741.2,技术领域涉及:G16B20/30;该发明授权一种基于Transformer架构用于纳米孔测序的碱基识别方法、装置及存储介质是由李清文;孙琛;娄继忠设计研发完成,并于2023-12-28向国家知识产权局提交的专利申请。

一种基于Transformer架构用于纳米孔测序的碱基识别方法、装置及存储介质在说明书摘要公布了:本发明提供了一种基于Transformer架构用于纳米孔测序的碱基识别方法,包括以下步骤:步骤S1:卷积模块接受纳米孔测序原始电流信号并进行降采样和特征提取;步骤S2:编码器对测序电流信号进行全局上下文建模和表征生成高维中间隐向量;步骤S3:解码器同时接受编码器所生成的隐向量和已生成的碱基序列,预测下一时间步的候选碱基,当解码器生成结束解码字符时,碱基识别结束,即生成了原始电流信号所对应的完整碱基序列。本发明首次提供了一种基于Transformer的自回归解码方法,用于纳米孔测序碱基识别,具有高精度和鲁棒性。

本发明授权一种基于Transformer架构用于纳米孔测序的碱基识别方法、装置及存储介质在权利要求书中公布了:1.一种基于Transformer架构用于纳米孔测序的碱基识别方法,其特征在于,包括以下步骤: 步骤S1:卷积模块接受纳米孔测序原始电流信号并进行降采样和特征信息提取,并进行位置编码,得到融合向量; 步骤S2:将步骤S1的融合向量输入进编码模块,对电流信号进行全局上下文建模和表征,生成高维中间隐向量; 步骤S3:解码模块同时接受步骤S2的隐向量和解码模块已生成的部分碱基序列,预测下一时间步的候选碱基,当解码器生成结束解码字符时,碱基识别结束,即生成了原始电流信号所对应的完整碱基序列; 其中,所述解码模块包括若干组解码层,所述解码层包括多头自注意力层、残差连接、标准化层、交叉注意力层、残差连接、标准化层和线性层;所述解码模块预测下一时间步的候选碱基的方法包括自回归和束搜索相结合的方法。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术,可联系本专利的申请人或专利权人北京普译生物科技有限公司;中国科学院生物物理研究所,其通讯地址为:100176 北京市大兴区经济技术开发区荣华中路10号1幢15层1501-3D;或者联系龙图腾网官方客服,联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

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